玉皇殿建筑内尽量不增加、添置任何新的长期摆放物品，确需添置时应在建筑通风处充分散发污染物后再移入摆放。在空气质量良好的季节、时间，玉皇殿应加强空气流通换气来净化、提升建筑内空气质量。如果安装了通风设备，则可以在进风口安装空气净化设施。玉皇殿大门入口处可以安装走道式风浴设备，防止有害物质进入。
为了防止环境中微生物、害虫的破坏，玉皇殿建筑日常管理中应注重对微生物、害虫的综合治理，阻断微生物、害虫侵入玉皇殿建筑内，清除建筑内已经进入的害虫和微生物。同时重视玉皇殿建筑内微生物、害虫的日常清除工作，一般情况下，壁画可以使用的微生物、害虫防治技术有物理防治、化学防治。
由于玉皇殿壁画艺术价值高，价值整体珍贵，普通杀虫剂由于需要接触消杀对象，因此不能满足壁画微生物、害虫的防治要求。玉皇殿壁画所在建筑内环境也要求杀虫剂不能具有较大的副作用。杀虫剂在杀灭害虫的同时，多数具有杀灭微生物的作用，因此在防虫防霉试验中使用的植物源杀虫剂可以同时起到灭菌、抑菌的效力。按照植物源杀虫剂杀虫防虫、灭菌抑菌作用在生物体上效力发挥部位的不同，植物源杀虫剂防治有害生物的作用方式可以分为胃毒毒杀、接触毒杀、忌避拒食、抑制生长发育、麻醉、植物光活化毒素等。(www.xing528.com)
玉皇殿壁画在防治有害生物过程中，需要综合考虑栖真观地域自然气候和植被覆盖情况、玉皇殿建筑结构特征、保存环境、制作材料等因素，确定所使用的植物源杀虫剂种类以及应用的毒杀作用方式。壁画上的防霉杀虫剂要求在壁画材料及环境中具有持久、长时间的效力，防虫杀菌范围广，对人无毒副作用，喷施操作工艺简便。根据本研究的前期试验，玉皇殿壁画防霉杀虫剂可以选用杀虫效力持久优良、副作用较小的植物源杀虫剂，如0.5%的1%苦参碱·印楝素乳油和0.5%苦参碱·烟碱水剂溶液。按照气雾型杀虫剂喷施工艺直接喷施在玉皇殿建筑内外，尽量不使杀虫剂接触到壁画本体，避免了对壁画材料的侵蚀。
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