关于“科学研究”，澳大利亚借助己方专家Mangel先生的观点，提出了科学研究的四项标准：有旨在增加种群养护和管理具有重要意义的知识的确定和可实现的目标（包括问题和研究假设）；适当的方法，包括只有在使用其他方法不能达成研究目标的情况下才使用致死性取样方法；同行评价；避免对种群的不利影响。为了支持这些标准，澳大利亚还援引了捕鲸委员会的决议以及科学委员会通过并列入附件Y和附件P的《指南》提供了相关标准，并支持这样一个结论，即致命性的方法只能在无法采用非致命性方法时才可使用。另外，维持就业和基础设施不能被视作科学研究的目的。
日本认为，国际法院有权审查特别许可证的颁发是否是“为科学研究的目的”，但仅限于审查通过该项决定的程序是否合法，而不是审查决定本身。日本方面的专家Walløe先生在某些方面同意Mangel先生提出的标准，但在一些重要细节上有分歧。日本对澳大利亚援引未经日本接受的《决议》和《指南》的效力表示质疑，并指出这些《决议》和《指南》只是建议性的。
国际法院认为自己有权审查特别许可证的颁发是否是“为科学研究的目的”。对此，国际法院将评估JARPAⅡ项目是否是“科学研究”，以及使用致命性的方法是否是“为科学研究的目的”。国际法院认为，必须区分专家的科学意见和法院对解释条约的职权。第8条的用语清楚表明缔约方可以考虑使用致死性的取样方法。澳大利亚和新西兰夸大了它们所提及的决议等文件的法律意义。按照《捕鲸公约》，捕鲸委员会的很多决议是不需要取得缔约方一致同意就能通过的，且有些决议日本甚至是投了反对票的，故这些决议既不能被视为是对第8条解释的嗣后协议，也不是《维也纳条约法公约》所指的“嗣后实践”。退一步来说，即使是由缔约国一致通过的“1986-2号”《决议》和《指南》，也没有明确要求缔约方只有在其他替代方法不可行的情况下才能使用致死性取样方法。当然，国际法院也认为，《捕鲸公约》的缔约方有义务与捕鲸委员会和科学委员会合作，对使用非致死性的替代取样方法进行可行性分析。另外，国际法院认为，由于澳大利亚提出的四项标准主要来源于专家的意见，不能作为对《捕鲸公约》的解释。并且，国际法院认为，无需对“科学研究”这一术语下一个定义，也不需要提出其他可供选择的标准。(www.xing528.com)
根据日本和澳大利亚提供的证据，国际法院认为，涉及对鲸类的致命性取样的JARPAⅡ项目，广义上可归为“科学研究”，但即使致命性方法可以作为“科学研究”的工具，日本还必须证明其使用致命性方法是为了实施JARPAⅡ所述的研究目标是合理的。[19]
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