（一）电算化会计信息系统交易授权、执行与手工会计系统存在差异。
授权、批准控制是一种常见的、基础的内部控制，在手工会计系统中，对于一项经济业务的每个环节都要经过某些具有相应权限人员的签章。但在电算化会计信息系统中，业务人员可利用特殊的授权文件或口令，获得某种权利或运行特定程序进行业务处理，由此引起失控而造成损失的案例数不胜数。例如：业务人员被客户收买，非法取得他人口令绕过批准程序开出销售提单；非法核销客户应收款及相关资料；掌握公司顾客订单密码，开出假订单，骗走公司产品等。
（二）内部控制的程序化使得内部控制具有不定期的依赖性，增加了差错反复发生的可能性。
电算化系统中内部控制具有人工控制与程序控制相结合的特点。电算化系统许多应用程序中包含了内部控制功能，这些程序化的内部控制的有效性取决于应用程序，如程序发生差错或不起作用，由于人们依赖性以及程序运行的重复性，使得失效控制长期不被发现，从而使系统“在特定方面发生错误或违规行为的可能性较大”。
（三）电算化会计信息系统缺乏交易处理痕迹。
手工会计系统中严格的凭证制度，在电算化会计系统中逐渐减少或消失，凭证所起的较强的控制功能弱化，部分交易几乎没有“痕迹”，给控制带来一定的难度。
（四）控制的范围扩大。(www.xing528.com)
传统的内部控制主要针对交易处理，而电算化系统下，由于系统建立和运行的复杂性，内部控制的范围相应扩大，包含了传统手工系统所没有的控制，如网络系统安全的控制、系统权限的控制、修改程序的控制等。
（五）电算化会计信息系统中会计信息存储电磁化。
电算化系统下会计信息以电磁信号的形式存储在磁性介质中，是肉眼不可见的，很容易被删除或篡改而不会留下痕迹；另外，电磁介质易受损坏，所以会计信息也存在丢失或毁坏的危险。
（六）网络的迅猛发展及其在财务中的进一步应用带来了层出不穷的新问题。
网络技术无疑是目前信息技术（IT）发展的方向，电算化会计信息系统也不可避免受到其深远的影响，特别是国际互联网（Internet）在财务软件中的应用对电算化会计信息系统的影响将是革命性的。目前财务软件的网络功能主要包括：远程报账、远程报表、远程审计、网上支付、网上催账、网上报税、网上采购、网上销售、网上银行等，实现这些功能就必须有相应的控制，从而形成电算化会计信息系统内部控制的新问题。
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