（一）工程预付款支付的内部会计控制。
工程预付款，也称开工预付款，是指工程开工前由建设单位向施工承包商支付的、用于开工前期准备的款项。针对工程预付款支付的内部会计控制，建设单位应建立一套严格的程序，财会人员应认真履行此程序，做好开工预付款的支付管理。具体为：
1.施工单位提出支付申请。在已具备施工条件、施工承包商向建设单位提出支付申请时，建设单位除应要求其写明申请预付金额外，还应要求其提交履约保函、开工预付款保函，以及经监理工程师确认无误的开工预付款支付证书。
2.工程部门审查。工程部门应对以上资料的真实性、完整性进行审查，确认无误后由负责人签署意见。
3.会计部门审核。财会人员对施工承包商申请支付的金额与招标文件进行核对，核定应付款金额，并报部门负责人签署支付意见。在核定应支付金额时，若银行保证金额与合同规定的支付金额不一致，即开工预付款银行保证金额超过或不足合同规定的金额，在遇到这种情况时大都按照就低不就高的原则进行处理，即超过合同规定金额的，按合同规定金额支付，不足合同规定金额的，按照开工预付款保函金额支付。
（二）工程进度款支付的内部会计控制。
工程进度款是指建设单位按合同约定的工程进度向承包商逐笔支付的款项。由于建设工程施工合同的承揽合同性质，势必不能要求承包商承担垫付工程款的义务，因此根据工程进度支付工程进度款是建设工程施工合同的重要特点。工程进度款的支付过程是整个工程支付中最为频繁、往来款项发生最多的过程，有的工程完工可能要进行几十次的进度款支付，因此，认真对待每一期的进度款支付，不仅是日常控制的需要，也是为日后工程竣工决算打下良好的基础。建设单位应当建立严格的工程价款支付控制程序，由工程、会计及监理等部门共同保障实施，层层把关。具体程序如下：
1.施工承包商提出申请。
施工承包商在申请支付进度款时，应提供经监理部门审核的工程进度报表，报表要完整、详细，应包括申请支付理由、申请支付金额、工程进度报告等，同时要附上诸如现场签证等相关证明材料，一并交给建设单位工程部门。(www.xing528.com)
2.工程部门审核工程进度报表。
建设单位工程部门的现场技术人员应对进度报表从工程进度、工程质量、现场签证、隐蔽工程、付款情况、相关约定、施工要求等进行核实，造价工程师根据工程概算、预算、现场签证、工程进度、付款情况等对上述资料进行再次审核，并由工程部门负责人签署意见。
3.会计部门核定付款额。
会计部门应根据技术负责人核定的已完工工程量及合同总价款、合同变更金额、预留质保金、累计已付款金额、支付协议等前期资料，核定本次应付款金额，并交由负责人签署意见，严格控制“超付”。
4.主管领导审批。
对申请支付金额较大（金额上限由建设单位根据工程总造价等自行确定），或者双方存在争议时，应报送单位主管领导，由其审批。
5.会计部门付款、入账。
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