金刚宝座塔前左右相峙而立两株古老的银杏树，均为国家一级保护树种，它们伴随着该塔已经走过了五百多年的沧桑岁月。金刚宝座塔建成于1473年，而同时移植来的这两棵银杏树的树龄应该早于宝座若干年。
银杏树又名白果树、鸭脚树等，树体高大雄伟，秋天满树黄叶，与僧人袈裟颜色融为一体，最能衬托寺院宝殿的庄严肃穆。由于其生长缓慢，寿命极长，因此又称之为“公孙树”，具有观赏、经济、药用等价值。
小塔局部雕刻
相传佛祖释迦牟尼是在古印度摩揭陀国（现印度北方邦瓦拉那西城东南的菩提伽耶城）伽耶山的菩提树（原名叫毕钵罗树）下，大彻大悟成佛的。为了纪念佛祖，并表示对佛教的虔诚，佛门弟子多在寺庙中种植菩提树，并视其为“佛门圣树”。菩提树是生长在热带地区的一种常绿乔木，在北方并非随处可见。而银杏树苍郁葱茏，高大健硕，果实纯净，适应性强，又象征佛法弘扬，佛门洁净，后来僧人们就以银杏树取代菩提树，在我国各地佛教寺庙广为栽植。
这两棵银杏树既是五塔寺历史变迁的“亲历者”和“见证者”，如今又成了众多游客慕名而来参观的“活化石”和“新地标”。夏日里，银杏树苍翠碧绿，绿荫茵茵，为游客遮阳避暑，遮风挡雨；深秋时节，银杏叶彻底变黄的时候，满树金黄，美得令人陶醉；一夜朔风劲吹，金黄色的银杏叶飘落一地，宛若童话世界。银杏树和金刚宝座塔一起构成了最美的画面，专程来北京石刻艺术博物馆欣赏美景的游人众多，2017年11月4日，观众人数近千人，创历史新高。
清代著名学者洪亮吉（1746—1809年）自御园回，半道游五塔寺，寺中有古树二株出檐几数十丈，花开覆屋，寺僧曰银杏也。洪亮吉诗兴大发，为赋一律：(www.xing528.com)
五塔寺边双树奇，马行迂道款禅扉。
高枝似向云中出，落叶犹能天半飞。
清磬几声催夕照，疏香十里点朝衣。
邻斋东去春如海，较尔浓荫覆院稀。
塔前两株古银杏树
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