定于8月3日开庭的审判，由于证人迟到和陪审团遴选，到8月17日才正式开始。联邦检察官海伊向法庭陈述大陪审团的指控，并就叛国罪指控提出如下分析逻辑：（1）伯尔的西部军事谋划具有“叛国意图”；（2）1806年12月10日在布莱哈塞特岛的武装人员的纠集是该“叛国意图”的部分实施，构成《美国宪法》第3条第8款要求的“公然行为”；（3）布莱哈塞特岛武装纠集当天伯尔虽然不在现场，但法律上可以视为“推定在场（constructive presence）”（Hobson，2006：6）。所以，如果检方证人能够证明构成以上事实，被告叛国罪成立。
检方提交了一份140人的证人名单，请求逐一传唤作证。起初几位证人向法庭陈述了与伯尔在不同场合的对话，说明伯尔曾经向他们分别透露过纠集私人武装进攻西班牙殖民地，建立一个西部“独立帝国”，自任“墨西哥国王”等意图。6位证人也见证了1806年12月10日晚在布莱哈塞特岛有“几十人”武装人员集结在数艘船上的事实。同时，检方证人也提到，当天晚上伯尔在距离布莱哈塞特岛几百英里之外的肯塔基州，检方对此事实不予否认。
此时，伯尔和他的团队意识到，杰斐逊总统老家弗吉尼亚居民组成的陪审团对来自纽约的“北方佬”伯尔天然敌视，如果任由检方传唤证人，重复对伯尔不利的证言，会造成不可挽回的后果。所以必须设法将决定权从陪审团转移到法官。辩方当机立断，改变辩护策略，采取两大措施，挽救危局：措施之一是阻止传唤其余的检方证人，之二是请求法官解释宪法条文，明确叛国罪的具体法律要求。这样，可以将审判重心从由陪审团决定的事实问题，转移到由法官决定的法律问题。
8月20日，伯尔亲自提出动议，请求法庭中止听取更多的检方证人证言，因为检方业已承认在1806年12月10日当晚，伯尔不在布莱哈塞特岛，再多的证言也不可能证明法律要求的“公然行为”，继续传唤证人不过是浪费法庭时间。法庭就辩方动议举行听证。直到8月29日，双方律师在陪审团在场的情况下就辩方证据动议展开接近十天的激烈庭辩，留下800多页的辩论记录（Hoffer，2008：171；Chapin，1964：107）。[4]马歇尔对双方律师的精彩辩论表示了公开赞赏，称赞他们“以世所罕见的高超雄辩”展示了各自立场。辩论中，双方对叛国罪的英国传统和美国建国以来的实践进行了完整回顾。几天下来，如辩方所愿，辩论焦点逐渐集中到对宪法叛国罪条款的解释，具体是对美国“发动战争”的犯罪要素行为的界定。双方在两个有关问题上针锋相对：（1）何为“公然行为”？（2）被告是否需要在“公然行为”现场，才构成犯罪？(www.xing528.com)
检方认为，对“发动战争”有关行为要素的界定，应进行宽泛解释。任何旨在采取非法武装行动的活动，不仅仅包括实际的武装冲突，也包括为武装冲突而进行的人员招募、纠集和军械、设备、给养、钱款的准备，都构成“公然行为”。所以，1806年12月10日夜晚布莱哈塞特岛几十名武装人员的集结，构成宪法要求的“公然行为”。伯尔当晚虽然不在布莱哈塞特岛，但作为整个“叛国阴谋”计划的主谋和总指挥，他理应知晓所有活动，根据英国普通法原则和实践，可以法律上“推定”其在场。
辩方反对宽泛解释宪法，坚持严格解释原则，辩称“公然行为”必须是实际武装冲突，而且被告必须亲自在发生“公然行为”现场。在界定个人刑事罪行问题上，美国法律不应该因循英国传统，不得采取“推定在场”原则。由于检方承认伯尔在检方指控的所谓“公然行为”当晚不在布莱哈塞特岛，因此检方无法满足宪法对叛国罪犯罪要素的证明责任。
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