《行政单位财务规则》第十一条规定：“行政单位预算依照下列程序编报和审批：（1）行政单位测算、提出预算建议数，逐级汇总后报送同级财政部门；（2）财政部门审核行政单位提出的预算建议数，下达预算控制数；（3）行政单位根据预算控制数正式编制年度预算，逐级汇总后报送同级财政部门；（4）经法定程序批准后，财政部门批复行政单位预算。”
与原《行政单位财务规则》相比，变化主要有两方面：一是根据部门预算改革的有关要求，将“收支概算”改为“预算建议数”，将“预算指标”改为“预算控制数”。二是根据部门预算的审批流程，规范了部门预算“二下”审批流程的表述，由“财政部门正式批复行政单位预算”修改为“经法定程序批准后，财政部门批复行政单位预算。”
行政单位预算编报和审批程序概括地讲，就是“两上两下”的预算编制程序：
“一上”：单位提出预算建议数。根据上年预算执行情况及本预算年度事业发展目标和计划以及预算编制的规定，分析各项增减因素对单位收支的影响，提出单位本年度全部收入、支出预算建议数，并按照财政部门规定的报表格式和要求，编制单位年度收支预算，经一级预算单位审核汇总后报同级财政部门。(www.xing528.com)
“一下”：财政部门下达预算控制数。财政部门在收到经一级预算单位报送的预算建议数后，要及时进行审核，重点审核行政单位预算建议数编报是否合理，收入是否已按照有关规定全部列入预算，支出是否按照有关的支出标准编列等。然后，结合本预算年度财力状况，经综合平衡后下达预算控制数。
“二上”：单位编报正式预算。行政单位根据财政部门下达的预算控制数，结合本单位预算年度的收支情况，本着“量入为出、不留缺口”的原则，分别轻重缓急，对相关收支项目进行调整，编制正式的单位预算，并按照规定时间将正式预算逐级上报审核汇总，由一级预算单位报财政部门审核。其中：基本支出预算在支出经济分类科目之间可以由行政单位根据自身情况在现行财务制度规定内自主编制，但人员经费和公用经费之间不得进行调整；项目支出预算必须按照财政部门下达的预算控制数编制，并对支出项目进行分解细化，落实到项目具体承担单位。
“二下”：财政部门正式批复预算。财政部门对一级预算单位报送的“二上”预算进行审核，并经法定程序批准后，在规定期限内批复下达到一级预算单位。有下级预算单位的，应当在财政部门批复预算之日起规定的时间内批复所属单位的预算。行政单位预算批复后，即成为预算执行的依据。
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