正当李世民率军在中原与王世充、窦建德集团交战之时，盘踞荆湖一带的萧铣集团内部发生分裂。萧铣是南北朝时期后梁宣帝萧詧的后代。他趁隋末大乱、群雄并起之时，打着恢复梁朝的旗号招兵买马，攻城略地，很快便占据了洞庭湖周围地区，并以此为依托，迅速向外扩展。不久，萧铣便拥有精兵四十余万，占据了“东自九江，西抵三峡，南尽交趾，北距汉川”[38]的广大地盘，一时声威大震，成为长江中游实力最强的割据势力。后来，他定都江陵，自立为帝，年号为凤鸣。此次的内部分裂主要起源于萧铣本人的猜忌心理。为了制止部将不服调遣现象的蔓延，萧铣企图剥夺诸将领的军权，遭到将领的反对，一些人心生“怨望，谋作乱”[39]，由此导致集团内部发生分裂。萧铣手下的将领董景珍举长沙降唐。萧铣闻讯，立即派部将张绣率兵南下，攻克长沙。张绣后因恃功骄横，恣意妄为，被萧铣处死。此后，萧铣大杀文臣武将，致使叛逃者日益增多，上下离心，士气不振。
武德四年（621）八月，李世民率军取得中原决战的胜利后，李渊认为扫平萧铣的时机已经成熟，任命李孝恭为荆湘道行军总管，李靖摄行军长史，统领十二总管，自夔州沿长江东下，又令其他几路人马同时出击，从不同方向攻打萧铣驻守的江陵。同年九月，李孝恭、李靖率军自夔州（治今重庆奉节东）出发，当时正值雨季，长江三峡的江水猛涨，将士们都主张等待暴雨过后再出征，但行军总管李靖认为“兵贵神速，机不可失”[40]，坚决主张应抓住稍纵即逝的机会，乘敌方不知唐军已集结出征的有利时机果断出兵。李孝恭采纳了李靖的建议，率大军乘险东渡三峡，抵达夷陵。萧铣派遣部将文士弘率军抵抗，兵败后逃至百里洲，进入北江；唐军乘胜追击，占据了南江，双方形成南北相持局面。李孝恭不听李靖劝阻，立即率兵北攻文士弘，结果败走南岸；李靖则乘敌军抢夺唐军辎重之机，纵兵奋击，大破敌军，并乘胜追击至江陵城下，进入外郭，攻占了水城，缴获了大量战舰。李靖建议将缴获的四百艘战船全部丢弃到江中，任其随水漂流。众将不明白李靖的用意，对其做法议论纷纷，认为在江河作战中主动丢弃好不容易到手的战船，让其顺流而下，资助敌人，实在令人费解。李靖耐心解释道：
萧铣之地，南出岭表，东距洞庭。吾悬军深入，若攻城未拔，援军四集，吾表里受敌，进退不获，虽有舟楫，将安用之？今弃舟舰，使塞江而下，援兵见之，必谓江陵已破，未敢轻进，往来觇伺，动淹旬月，吾取之必矣。[41]
众将听后，认为言之有理。果然不出李靖所料，萧铣派人到长江下游调集的救兵在进军途中看到江面上漂荡着大量战船，怀疑江陵已经失守，犹豫不决，暂时停止进军。唐军趁机对江陵发起了猛烈攻击，萧铣困守孤城，迟迟不见救兵赶来，最后只好向唐军投降。李靖指挥唐军在围城的同时巧妙示形诈敌，以缴获的舰船放置江中，制造江陵已被攻破的假象，运用谋略成功制止了萧铣援军的行动；唐军则抓住战机持续不断攻城，最终促使对手在外无援军的形势下被迫投降。
唐高祖武德六年（623）八月，辅公祏叛唐造反，后在丹阳（治今江苏南京）称帝，建国号宋，署置百官。李渊令李孝恭率领诸路大军征讨辅公祏，一路势如破竹，一举占领芜湖。辅氏在芜湖之战失败后，迅速收缩战线，派部将冯惠亮等率水军3万屯驻博望山（今安徽当涂西南东梁山，与和县南西梁山夹江对峙），并在博望山与梁山之间连接铁链，锁断江面，又在梁山筑长达10余里的月城，还在青林山（今安徽当涂东南）屯驻3万步兵，自将重兵屯于丹阳。面对这样一个较为严密的防线，唐军众将认为，冯惠亮、陈正通拥有强兵，据水陆之险，加固城寨，不急于与唐军决战，因而唐军一味强攻，恐怕难以迅速得手，倒不如绕过对方直接袭击辅公祏老巢，攻下丹阳，冯惠亮等人自然就会投降。李靖反对直捣丹阳，主张先攻打当涂正面之敌，指出：(www.xing528.com)
公祏精锐，虽在水陆二军，然其自统之兵，亦皆劲勇。惠亮等城栅尚不可攻，公祏既保石头，岂应易拔？若我师至丹阳，留停旬月，进则公祏未平，退则惠亮为患，此便腹背受敌，恐非万全之计。惠亮、正通皆是百战余贼，必不惮于野战，止为公祏立计，令其持重，但欲不战以老我师。今若攻其城栅，乃是出其不意，灭贼之机，唯在此举。[42]
李靖提出现今应该出其不意进攻当面之敌的城寨，一举消灭对手。李孝恭采纳了这一建议。李靖率部攻打冯惠亮，经过一番苦战，摧毁了对手设置于博望山、青林山的营寨，冯惠亮率领残部仓皇奔走。李靖率领轻骑直趋丹阳，李孝恭等部相继赶到，对丹阳形成包围夹击的态势。辅公祏领兵弃城往东逃窜，唐军穷追不舍，辅公祏一路丢盔弃甲，最后被俘。李孝恭下令“分捕余党，悉诛之，江南皆平”[43]，唐朝统一战争基本结束。
在平定萧铣集团、辅公祏反叛势力的作战中，李靖制定并贯彻了出其不意、速战速决的指导思想，善于利用和创造战机，抓住对手的空隙迅速出击，直至取得胜利。在轻骑兵取代重甲骑兵的时代背景下，李靖提出了“用兵上神，战贵其速”[44]的兵学主张，进一步发展了《孙子兵法》的“兵贵胜，不贵久”的速决战思想，平定江南之战较好地体现了这一思想。无论是平定萧铣集团，还是平定辅公祏反叛势力，李靖都是尽可能地在较短的时间内结束战事，避免与对方打持久战。在征讨萧铣时，尽管天气恶劣，李靖坚持出兵，出其不意地实施快速而突然的打击行动；平定辅公祏反叛势力时，李靖识破了对手冀望迫使己方师老兵疲的图谋，集中兵力攻打冯惠亮部，达成了速战速决的目的，赢得了战争的胜利。史家称李靖“临机果，料敌明”[45]，上述战役指导的成功印证了这一切合史实的评价。
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