水电工程反映典型的能源与环境之间的冲突：能源生产和环境保护之间的冲突。从20世纪60年代初开始，对环境的关心成为颁发水电项目许可考虑的一个部分。在《国家环境保护法》出台之前，环境组织于1965年赢得了一项诉讼。根据此诉讼的判决，联邦动力委员会要求统一爱迪生公司在哈德孙流域建设的抽水蓄能电站必须进行环境影响调查，以保护流域的自然景色，见“哈德孙风景区保护大会诉联邦动力委员会”案[55]、“乌达尔对联邦动力委员会”案[56]、“普拉特河谷鸣鹤主要栖息地保护委员会诉联邦能源监管委员会”案[57]。这样，在国家环境保护署成立以前，几个法院判决要求联邦能源监管委员会的前身（即联邦动力委员会）在发放许可时须考虑和评估项目的环境影响。
联邦第二巡回上诉法院对哈德孙风景区案的判决，要求由联邦动力委员会来决定何种的环境安排最适合于水道的综合利用。在乌达尔案中，美国最高法院的判决要求，联邦动力委员会必须考虑在蛇河建设水电站所带来的环境影响。在此案中，内务部长曾要求联邦动力委员会，在内务部有机会对鱼类保护措施进行审核之前，暂缓批准许可。由于联邦动力委员会颁发的许可没有考虑内务部长的这一要求，最高法院否决了联邦动力委员会的决定。
颁发水电许可须符合《国家环境保护法》的要求，特别是需要递交环境影响评估报告。《国家环境保护法》要求联邦能源监管委员会必须为包括水电站在内的主要项目准备环境影响评估报告，以披露项目对环境质量产生的重大影响，有关的监管机构必须在合理的限度内对环境影响评估报告负责。申请许可和再许可时都必须提交环境影响评估报告，见“拉福来明诉联邦能源监管委员会”案[58]和“联合部落和印地安雅吉玛族长诉联邦能源监管委员会”案[59]。
联邦能源监管委员会评估规划项目的环境影响，旨在通过如下措施使环境危害最小化：（1）要求所有水电项目的申请者在向联邦能源监管委员会提交申请前，与联邦和州自然资源监管机构、印第安部落以及州水质机构进行协商；（2）确保所有的许可申请者均已进行必要的研究，以便在信息充分的基础上做出决定；（3）颁发环境评估草案或环境影响草案：（4）在许可要求中纳入联邦能源监管委员会在其许可手册中详述的其他旨在降低环境影响的措施。[60]
除《国家环境保护法》以外，许可申请还受《清洁水法》[61]和《自然与河流风景法》[62]等其他环境立法的管制。
在拉福来明案中，法院要求许可申请必须呈交环境影响评估报告，但该判例的适用范围受到了质疑。依据“国家野生生物联合会诉联邦能源监管委员会”案[63]，拉福来明案的适用范围仅被限于第九巡回上诉法院，因为该案与野生生物案的案情不一致。在野生生物案中，哥伦比亚特区联邦巡回上诉法院拒绝了野生生物联合会的请求。该请求认为联邦能源监管委员会在发放许可之前，未能全面考虑项目的综合计划。事实上，在许可发放之前已提交了环境影响评估报告，但该评估报告没有研究项目扩建所带来的环境后果。法院裁定联邦能源监管委员会没有违反《国家环境保护法》。实际上，联邦能源监管委员会可以选择进行方案的比较和分析，而不必要重新准备《国家环境保护法》所要求的环境影响评估报告。(www.xing528.com)
环境问题也在《1986年电力用户保护法》中得到关注[64]。该法对《联邦电力法》§4（e）进行了修改，要求联邦能源监管委员会在做出许可决定时，同等地考虑与电力生产有关的环保因素。
《电力用户保护法》要求联邦能源监管委员会等同地考虑“能源节约；对鱼类和野生生物的繁殖和栖息地的环境进行保护、缓解和改善；保护娱乐的机会和其他他方面的环境质量”[65]。虽然“同等考虑”并不要求“同等待遇”，但审查必须是实质性的，见“加利福尼亚州诉联邦能源监管委员会”案[66]。这样一来，《国家环境保护法》和《电力用户保护法》之间就形成了互补关系。
与水电的低成本同样重要的是水电站建设引起的突出环境问题。这方面最著名的判例大概是“田纳西河流域管理局诉希尔”案[67]。该案涉及《国家环境保护法》和《濒危物种法》。因可能影响一种被称为蜗牛鱼的小物种，最高法院阻止即将竣工的田纳西河泰利库大坝的建设。最后，国会准许在这一重大环境问题解决之后，可以完成大坝的建设。
在美国西北部地区，联邦水电大坝对一些濒危的鲑鱼（尤其是蛇河大马哈鱼和大鳞大马哈鱼）造成了严重的问题，见迈克尔·C.布朗的《两栖鲑鱼：哥伦比亚河谷生态系统管理的演变》[68]。鉴于涉及对廉价电力需求和对濒危物种的保护这些相互对抗的利益，人们寻求采用船和卡车运送鲑鱼绕过障碍等其他途径来解决问题。另一办法是增加河流流量，但这样做的负面影响是水位降低和减缓水力发电，见迈克尔·C.布朗等的《鲑鱼和濒危物种法：来自哥伦比亚盆地的启示》[69]。国会试图通过制定《美国西北部地区电力规划保护法》[70]及其1996年修正案来平衡各方要求。根据该法，鱼类保护与水电同样重要。
随着水电站服务时间的增长，许多水电站需要进行再许可。在再许可过程中，很多环境保护主义者认为，为了推动环境保护，水电站应退役而非再许可。[71]联邦能源监管委员会有权要求水电站退役[72]，但很少使用该权力。[73]
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