联邦能源监管委员会有权对符合若干指导原则的水电项目发放许可。电力指导原则规定，项目必须是：（1）在美国境内；（2）位于可航行的水域内；（3）使用联邦水坝的水；（4）影响跨州贸易。一个潜在水电站场址是否受联邦能源监管委员会管辖也曾经是多次诉讼的争议主题。
尽管上述实施性立法项下的联邦水电部门意欲做出全面的水电发展计划，但这在某种程度上是受到限制的，见“爱奥瓦州第一水电合作社诉联邦动力委员会”案[16]。在该案中，尽管在爱奥瓦河的一个支流上建设水坝阻碍了河流且不可能符合爱奥瓦州的法律，水电合作社还是获取了联邦动力委员会就建设水坝的许可。最高法院对联邦动力委员会管辖权采取了宽泛的理解，允许建设该水坝。最高法院认为，《联邦电力法》§9（b）关于符合所在州法律的规定仅为提供信息之用。为了使联邦动力委员会能够进行全国性的全面规划，其决定必须具有约束力。
通常，联邦当局具有优先于州的权利。比如，《联邦电力法》§27[17]明确规定所在州拥有其水资源的所有权，但该州无权就联邦建设的水坝的批准提出附加条件，见“加州诉联邦能源监管委员会”案[18]。《联邦电力法》授权联邦能源监管委员会全权控制水电站的水流量。
早期在确定联邦管辖权的范围时所涉及的核心问题是拟建设水电站的水域的航运能力。在“美国诉阿帕拉契电力公司”案[19]中，最高法院采取了与地区法院和巡回法院的判决相反的立场。最高法院认为，因西弗吉尼亚州的新河的部分河段可以航行，应归联邦管辖。最高法院承认没有适当的测试河流适航性的具体方法，但认为此段水道“适于公共运输和贸易”，因此就《联邦电力法》而言，此水道是“适航的”。联邦对水电项目的优先管辖权也被扩展到美国的自然保护区，见“联邦动力委员会诉俄勒冈州”案[20]。(www.xing528.com)
后来，联邦进一步扩展了对水电项目的管辖权。有一个案例涉及在一个适航主河道的不可航行的支流上建设抽水蓄能站。最高法院对此案的判决是，尽管该支流没有航运能力，但电站产生的电力被用于跨州贸易，联邦能源监管委员会因此对此项目有管辖权。此外，最高法院还认为，抽水蓄能站把水抽到水库中储存，然后在电力需求高峰时排水发电，也对下游航运造成了影响，见“联邦动力委员会诉联合电力公司”案[21]。在“费尔法克斯县水力局诉联邦能源监管委员会”案[22]中，为了支持联邦的管辖权，将项目与跨州贸易的联系延伸到项目业主的用电。另见“哈波西姆磨坊诉联邦能源监管委员会”案[23]，该案维持了费尔法克斯案的立场。
当一个水电站建在完全位于某州境内的水域上且其发电只用于本州时，出现了另一个问题。在“中央城市诉联邦能源监管委员会”案[24]中，法院裁定由于该案涉及的水电站几乎不影响跨州贸易，联邦无权监管。但后来该法院在“航运能力”上找到了有利于联邦监管的证据，从而恢复了联邦对该水电站的监管。
联邦能源监管委员会并不是唯一拥有水电站监管权的机构。地方、州和联邦其他机构也对水电项目具有确定的监管权，但条件是州和地方法规不得妨碍联邦行使其权力。例如，《清洁水法》[25]规定，州可以制定水电项目的水质量标准，联邦政府也不能排除州侵权法的适用，见“南卡罗来纳州公共服务局诉联邦能源监管委员会”案[26]。另外，《联邦电力法》规定，州不得以保护鱼类为目的，制定与许可不相一致的最小流量的要求，见“加州诉联邦能源监管委员会”案[27]。但是，当联邦垦务局是主管机构时，州可以制订水的利用计划，见“加州诉美国”案[28]。
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