1.提出申请
设置入河排污口的单位（下称排污单位），应当在向环境保护行政主管部门报送建设项目环境影响报告书（表）之前，向有管辖权的县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构提出入河排污口设置申请。
依法需要办理河道管理范围内建设项目审查手续或者取水许可审批手续的，排污单位应当根据具体要求，分别在提出河道管理范围内建设项目申请或者取水许可申请的同时，提出入河排污口设置申请。
依法不需要编制环境影响报告书（表）以及依法不需要办理河道管理范围内建设项目审查手续和取水许可手续的，排污单位应当在设置入河排污口前，向有管辖权的县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构专门提出入河排污口设置申请。
2.申请材料
设置入河排污口应当提交以下材料：
（1）入河排污口设置申请书。
（2）建设项目依据文件。
（3）入河排污口设置论证报告。
（4）其他应当提交的有关文件。
设置入河排污口对水功能区影响明显轻微的，经有管辖权的县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构同意，可以不编制入河排污口设置论证报告，只提交设置入河排污口对水功能区影响的简要分析材料。
3.不单独提交情况
设置入河排污口依法应当办理河道管理范围内建设项目审查手续的，排污单位提交的河道管理范围内工程建设申请中应当包含入河排污口设置申请书的有关内容，不再单独提交入河排污口设置申请书。
设置入河排污口需要同时办理取水许可和入河排污口设置申请的，排污单位提交的建设项目水资源论证报告中应当包含入河排污口设置论证报告的有关内容，不再单独提交入河排污口设置论证报告。
4.入河排污口设置论证报告
入河排污口设置论证报告应当包括下列内容：
（1）入河排污口所在水域的水质、接纳污水及取水现状。(www.xing528.com)
（2）入河排污口位置、污水排放方式。
（3）入河污水所含主要污染物种类及其排放浓度和总量。
（4）水域水质保护要求，入河污水对水域水质和水功能区的影响。
（5）入河排污口设置对有利害关系的第三者的影响。
（6）水质保护措施及效果分析。
（7）论证结论。
设置入河排污口依法应当办理河道管理范围内建设项目审查手续的，还应当按照有关规定就建设项目对防洪的影响进行论证。
5.论证资质要求
入河排污口设置论证报告应当委托具有以下资质之一的单位编制：
（1）建设项目水资源论证资质。
（2）水文水资源调查评价资质。
（3）建设项目环境影响评价资质（业务范围包括地表水和地下水的）。
6.受理程序
有管辖权的县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构对申请材料齐全、符合法定形式的入河排污口设置申请，应当予以受理。
对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在5日内一次告知需要补正的全部内容，排污单位能按照要求提交全部补正材料的，应当受理；逾期不告知补正内容的，自收到申请材料之日起即为受理。
受理或者不受理入河排污口设置申请，应当出具加盖印章和注明日期的书面凭证。
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