对水功能实施监督管理是全面贯彻《水法》，实践新时期治水思路，实现水资源合理开发、有效保护、综合治理和科学管理的重要工作，对我国保障经济社会可持续发展、环境保护和生态建设具有重大意义。
1.水功能区划的审批
流域内国家确定的重要江河、湖泊（水库）的水功能区划，由水利部审核后，纳入全国水功能区划，经征求国务院有关部门和有关省、自治区、直辖市人民政府意见后，报国务院批准。
流域内各省、自治区、直辖市水行政主管部门应在上一级水功能区划的基础上组织编制本地区的水功能区划，经征求同级人民政府有关部门意见后，报同级人民政府批准，并报流域管理机构备案。
由流域管理机构组织划分的水功能区应纳入相关省、自治区，直辖市水功能区划。
2.水功能区划的变更与审批
经批准的水功能区划是流域内水资源开发利用、监督管理和保护的依据。
国家确定的重要江河、湖泊以及跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的水功能区划，由于社会经济条件和水资源开发利用条件发生重大变化，需要对水功能区划进行调整时，由流域管理机构会同省级水行政主管部门组织科学论证，提出水功能区划调整方案，报原批准机关审查批准。
由流域内各省、自治区、直辖市水行政主管部门拟定的水功能区，需要对其进行调整时，由省级水行政主管部门组织科学论证，报流域审查，原批准机关审查批准。
3.水功能区的确界立碑
流域管理机构和流域内县级以上地方人民政府按照水利部统一标志式样，按管辖范围在水功能区的边界设立明显标志。
标志内容包括：河流名称、水功能区名称、水功能区的起始断面和终止断面、水功能区河长或面积、水质目标和代表断面、设立时间及管理单位等。
4.水功能区的分级管理
水功能区管理实行流域管理与行政区域管理相结合的制度。
流域管理机构对其直管河段（水库）水功能区进行监督管理，并会同有关省、自治区、直辖市水行政主管部门对流域内重要省界缓冲区、其他重要水功能区进行监督管理。其他的水功能区由有关县级以上地方人民政府水行政主管部门进行监督管理。
取水许可管理、河道管理范围内建设项目管理、入河排污口管理等法律法规已明确的行政审批事项，县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应结合水功能区的要求，按照现行审批权限划分的有关规定分别进行管理。
5.水功能区分级管理的方案制定与审批
流域管理机构商流域内省、自治区、直辖市水行政主管部门制定水功能区分级管理方案，报水利部审查批准后实施。
流域内各省、自治区、直辖市水行政主管部门按照管理权限制定本行政区内的水功能区分级管理方案，报流域审查，并报所在省级人民政府批准后实施，同时应报流域管理机构备案。
6.水功能区的保护目标(www.xing528.com)
水功能区的管理应执行水功能区划确定的保护目标。
保护区禁止进行不利于功能保护的活动，同时应遵守现行法律法规的规定。
保留区作为今后开发利用预留的水域，原则上应维持现状。
在缓冲区内进行对水资源的质和量有较大影响的活动，必须按有关规定，经有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构批准。
开发利用活动，不得影响开发利用区及相邻水功能区的使用功能。具体水质目标按水功能二级区划分类分别执行相应的水质标准。
7.提出限制排污总量的意见
县级以上地方人民政府水行政主管部门或流域管理机构应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能力，审核该水域的纳污能力，向环境保护行政主管部门提出该水域的限制排污总量意见，同时抄报同级人民政府和上级水行政主管部门。
经审定的水域纳污能力和限制排污总量意见是县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构对水资源保护实施监督管理以及协同环境保护行政主管部门对水污染防治实施监督管理的基本依据。
8.水功能区的监测与通报
县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应组织对水功能区的水量、水质状况进行统一监测，建立水功能区管理信息系统，并定期公布水功能区水量、水质状况。发现重点污染物排放总量超过控制指标的，或者水功能区水质未达到要求的，应当及时报告有关人民政府采取治理措施，并向环境保护行政主管部门通报。
9.水功能区的监督检查
国务院水行政主管部门定期对全国水功能区的水资源开发利用状况、水资源保护情况进行检查和考核，并公布结果。
县级以上地方人民政府水行政主管部门或流域管理机构应对水功能区内已经设置的入河排污口情况进行调查。
县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应当按照有关规定对进行取水、河道管理范围内建设、新建、改建或者扩大入河排污口的单位进行现场检查。被检查单位应当如实反映情况，并提供必要的资料。检查机关有责任为被检查单位保守技术秘密和业务秘密。
10.水功能区入河排污口的登记
对水功能区内已经设置的入河排污口，入河排污口设置单位，应向有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构登记。水行政主管部门或流域管理机构应按照水功能区保护目标和水资源保护规划要求，编制入河排污口整治规划，并组织实施。
11.入河排污口设置的审批
新建、改建或者扩大入河排污口的，排污口设置单位应征得有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构同意。
新建、改建、扩建的建设项目，以及进行可能对水功能区产生影响的取水、河道管理范围内建设等活动的，建设单位在向有管辖权的水行政主管部门或流域管理机构提交的水资源论证报告书或申请文件中，应分析建设项目施工和运行期间对水功能区水质、水量的影响。
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