《条例》第十四条规定：“取水许可实行分级审批。”由于水资源开发利用涉及流域上下游、左右岸乃至全流域取用水和生态环境，同时为了便于协调、防止水事纠纷，《条例》在取水许可审批权限设立方面，原则规定了流域管理机构和县级以上地方人民政府水行政主管部门的审批权限。《条例》还授权国务院水行政主管部门和省级人民政府分别对流域管理机构和县级以上地方人民政府水行政主管部门的审批权限作出具体规定。
1.取水许可审批权限设立
取水许可审批权限设立依据于法律。《水法》第七条规定：“国务院水行政主管部门负责全国取水许可制度和水资源有偿使用制度的组织实施。”第十二条规定：“国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。国务院水行政主管部门。负责全国水资源的统一管理和监督工作。国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构，在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责。县级以上人民政府水行政主管部门按照规定的权限，负责本行政区域内水资源的统一管理和监督工作。”
2.取水许可审批权限划分
《条例》第十四条明确规定取水许可实行分级审批。流域管理机构审批权限设定的内容如下：
（1）长江、黄河、淮河、海河、滦河、珠江、松花江、辽河、金沙江、汉江的干流、太湖以及其他跨省、自治区、直辖市河流、湖泊的指定河段限额以上的取水。
（2）国际跨界河流的指定河段和国际边界河流限额以上的取水。(www.xing528.com)
（3）省际边界河流、湖泊限额以上的取水。
（4）跨省、自治区、直辖市行政区域的取水。
（5）由国务院或者国务院投资主管部门审批、核准的大型建设项目的取水。
（6）流域管理机构直接管理的河道（河段）、湖泊内的取水。
前款所称的指定河段和限额以及流域管理机构直接管理的河道（河段）、湖泊，由国务院水行政主管部门规定。
其他取水由县级以上地方人民政府水行政主管部门按照省、自治区、直辖市人民政府规定的审批权限审批。
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