水行政主管部门在进行法庭辩论阶段，应注意以下问题：
（1）要正确处理与法庭的关系。行政机关参与诉讼，从本质上说，与法院的审判活动是一致的，都是为了查清事实，维护国家法律的正确实施，从而保护双方当事人的合法权益，稳定社会经济秩序，促进安定团结和经济建设。但是由于各自地位不同，看问题的角度不同，有时对某一具体问题的看法容易出现一些分歧和矛盾。对此，水行政主管部门及其诉讼代理人，应当实事求是地运用证据、法律和有关政策来说明自己所持的观点。切忌在法庭上作无原则的争议甚至吵闹，更不能将自己凌驾于审判机关之上。实践证明，行政机关与审判人员只有建立在相互信任、相互尊重的基础上，才有利于查明案件的真实情况。
（2）要正确处理与对方当事人的关系。日常的行政管理活动中，行政机关与相对一方处于不平等的地位，为管理者与被管理者的关系，但在行政诉讼中，按照《行政诉讼法》规定，当事人在行政诉讼中的法律地位平等。因而，水行政主管部门在行政诉讼活动中不能采用行政命令的办法威胁、恐吓原告人，也切忌言词过激，尽量为诉讼的顺利进行创造有利条件。
（3）要正确处理与律师的关系。律师的职责是以自己的法律知识为委托人提供帮助和服务，他所维护的是委托人的合法权益。因而，水行政主管部门不能向律师提出无理、非法的要求，更不能向代理人施加压力，而应该同律师互相配合。对原告方的律师，也应互相尊重，以礼相待，对不同的观点，应冷静客观地分析后再提出反驳，对方提出了合理的意见和要求，应该予以采纳。否则，不但对审判工作没有帮助，而且也不利于正确、合法、及时地解决纠纷。
在法庭辩论阶段，水行政主管部门除了对原告提出的问题进行答辩外，还可以利用互相辩论的机会，反驳对方，证明自己的主张。主要从三个方面考虑。(www.xing528.com)
（1）从事实方面提出反证。在诉讼过程中，水行政主管部门如果能够提出令人信服的事实，就能取得主动权，这也是最有利、最经济的反驳手段。一般来说，水行政主管部门在作出某一具体行政行为决定时，就已经掌握了一定的事实，这些事实既是法庭上证明自己主张的依据，也是反驳对方控告的有力证据。
（2）从法律方面予以驳斥。水法规是水行政主管部门从事行政活动的法律依据，也是诉讼过程中进行辩论的依据。因而，水行政主管部门及其代理人应当熟练掌握有关的法律、法规，以便在诉讼中能够得心应手。
（3）运用逻辑推理的方法予以反驳。尽管我国颁布了数量众多的行政法律、法规，但行政法仍然未形成一个完善的体系。在许多领域中尚是空白。因此，水行政主管部门在其活动中，常常会遇到无法可依的情形。在水行政主管部门行使自由裁量权时，相对一方认为其行政行为侵犯了其合法权益而诉诸法院，这时水行政主管部门往往难以提出确切的法律依据予以辩解或驳斥。在这种情形下可以运用逻辑推理的方法。这就要求水行政主管部门的应诉人员要熟悉形式逻辑的思维规则，善于运用形式逻辑中的演绎法、归纳法等各种推理手段。在运用逻辑推理时，不能违背同一律、矛盾律、排中律等逻辑思维的基本规律，避免在逻辑推理时发生错误，导致不正确的结论。最常用的逻辑证明方法是演绎法和归纳法。
庭审结束后，诉讼代理人要注意认真审阅庭审笔录，如果遇到有误，应实事求是地向法庭提出修改请求。
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