职能分离，也可以称为职能分立，是基于分权制衡思想而设立的一种具体制度。它要求行政机关将其内部的一系列权力进行分割，并且将分割后的权力划分给不同职能部门享有。这样的制度设置旨在弱化相对集中的权力，使不同的行政机关彼此制约，从而实现权力的健康运行，遏制由集权产生的腐败。
在实践工作当中，职能分离主要可以分为裁执分离和罚缴分离两类。裁执分离是指作出裁决的机关与执行裁决的机关应该分离，从而体现权力的监督与制约，防止权力滥用；而罚缴分离则是指作出罚款决定的行政机关应当与收缴罚款的机构分离。在行政处罚中，职能分离最典型的表现就是罚缴分离，这在很大程度上杜绝了处罚机关为自身利益而滥罚的现象。除此之外，职能分离制度还表现为同一行政处罚案件中从事调查取证、听证、裁决的行政人员彼此独立，不相互干涉。
在行政行为过程中贯彻职能分离原则，一方面可以防止行政机关及其工作人员以及法律法规授权的组织等滥用职权，保证执法行为的公正性；另一方面也能够有效地遏制腐败现象，落实十八届三中全会关于规范执法行为的精神。
《行政处罚法》第四十六条第一款 作出罚款决定的行政机关应当与收缴罚款的机构分离。
《行政强制法》第十三条 行政强制执行由法律设定。(www.xing528.com)
法律没有规定行政机关强制执行的，作出行政决定的行政机关应当申请人民法院强制执行。
2009年3月，西安市莲湖区城管队员执法时发现西关正街一家商铺经营者正在店外张贴宣传品，当即上前将宣传品撕毁，这一粗暴执法举动引发了争执和群众围观、指责。恰好经过的莲湖区城管执法局负责人看到这一场面，对其执法方式进行了反思，并于当天召集领导班子会议，决心改变这种“习以为常”的执法方式。会议总结认为，城管执法有时得不到执法对象认可，根子在于历史形成的“随意执法”。以往莲湖区240多名城管执法队员，每个人都集检查权、调查权、处罚权于一身，执法随意性强，极易引发群众不满。
在探索标准化执法的过程中，莲湖区城管执法局建立了检查权、调查权、处罚权、强制权相分离的制度，对“四权”实行多个部门的链条式管理，从而使执法从“个人行为”变成了“组织行为”、“程序行为”。“四权”分离之后，莲湖区城管执法的检查权由局督办中心统一行使；调查权由各中队按督办任务行使；处罚权由中队法制员、局法制科、分管副局长三级审查行使，对案情复杂和处罚超过5000元的还要召开案审会；强制权交由莲湖区法院城管巡回法庭行使。同时还出台规定，收回各中队的空白法律文书，取消了罚款票据，当事人只凭正式的处罚决定到指定银行缴纳罚金，这就从源头上防止了乱罚款行为的发生。[2]
上述案例反映出职能分离在实践当中的重要作用，它不仅能够保证执法的公正，还可以维护正当的财政管理秩序，保护相对人的合法权益。严格贯彻落实职能分离制度，是依法行政的要求，需要行政机关以莲湖区城管局为学习对象，进行制度完善。
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