随着1998年6月日本政府中央省厅改革基本法的颁布，独立行政法人制度也正式诞生了。行政改革大纲也于2000年12月通过了内阁决议。在政府一系列的行政改革潮流影响下，2003年10月国际协力事业团由特殊法人改革为独立行政法人。组织的日文名称也随之更改为国际协力机构。但是，英文名称及略称还是保留原来的Japan International Cooperation Agency（JICA：ジャイカ）。JICA组织的法律依据也由国际协力事业团法更改为国际协力机构法［7］。
除此之外，独立行政法人化（以下简称独法化）也导致其法律立场上的重要变化。和过去一样，JICA是政府开发援助（ODA）的技术协作机构［8］，以外务省为监督省厅，并依靠国家预算来开展活动。但正如独立行政法人是“具备自律性、自发性及透明性的法人”（总务省，N.D.）一样，作为独立经营体，JICA一方面得到法律上明确的规定，例如，以前是依据法令等对组织及人事进行统一管理，但在独法化后，法人可以在法令规定的基本范围内决定内部组织的变更。而且，就财务方面也有能够灵活有效地使用所交付的运营费等的变化。另一方面，为了提高对国民的透明度，扩大信息公开范围，JICA正式引入作为组织接受评价的制度。
每3—5年的“中期目标”及“中期计划”是接受该评价的前提。“中期目标”由充当监督省厅的外务省设立，但是如何实现该目标这一“中期计划”则是由独立行政法人来制订。2003年10月国际协力机构刚成立时就开始的中期计划包含经费削减与效率化、议案的有效性与效率性实施、议案评价的充实性等，并设定客观性指标（国际协力机构，2003a）。外务省独立行政法人评价委员会定期评价JICA是否取得中期计划的成果，并向总务省评价委员会汇报评价结果。尤其是完成每阶段的中期目标后，对组织的保留及业务内容的正误进行严格的评价。(www.xing528.com)
特殊法人时期，在以外务省为首的各省厅的监督下，外务大臣、农林水产大臣、经济产业大臣每年都会联名向JICA提交有关“业务实施方针”的公文。JICA基于此开展事业，但在独法化后则形成根据“中期目标”和“中期计划”，以及基于此的年度计划来制定目标和具体方案，并形成各项目都接受评价的法律体系。其结果是对组织所重视的观点及价值观也带来了变化。
表3 JICA特殊法人时期和独法化之后法律立场的变化
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