大约在1万年前，我国已进入新石器时代，云南远古文化是“超前滞后”的。目前尚未发现云南新石器时代早期的遗址或墓葬，云南何时进入新石器时代尚待新的考古发现和进一步的研究。中期遗址目前发现的也较少，能够大致界定为中期遗址的有通海海东贝丘遗址第7层及邻近老空山、打坝山、钱家嘴和凹腰山贝丘遗址；大理海东银梭岛遗址的第50～57层；剑川海门口遗址的第10层、耿马石佛洞第9层及开口于第8层下的遗迹和遗物，时代距今约5000年左右。
通海海东贝丘遗址，第7层含少量螺壳，厚约0.3米。含有少量陶片、动物骨头。出土遗迹有火堆1处，编号H40，平面呈圆形，直径约50厘米，烧灰散得很开，厚约10厘米，在烧灰内采集到灰褐陶片，火候高，口沿上有印纹，口沿下梯子形印纹，腹部饰有绳纹。[1]
大理海东银梭岛遗址位于洱海东南的一座近岸小岛东北面的缓坡上，地理坐标北纬25°41′10.0″、东经100°16′9.0″，海拔1988.49米，与洱海水平面相对高度为27米。2003年10月至2004年5月，进行第一次发掘，发掘面积300平方米。2006年3～5月，进行第二次发掘，发掘面积300平方米。为典型的贝丘遗址，堆积非常丰富。时间从新石器时代中晚期一直延续到青铜时代，属于新石器时代中期的遗存为T9、T10的第50～57层。在地层中发现火塘1座，开口于T9第51层下，平面近圆形，有火道。火塘底部呈圜底，填土分六层，含炭屑和灰烬，无任何遗物出土。地层中出土的陶器，以夹砂灰褐陶为主，其次为夹砂黄褐陶。陶器均为手制，火候较高。器形简单，有长颈罐、折沿罐、网坠等，陶器纹饰以各种刻划纹为主，有少量粗点纹和短线纹。石器中网坠的数量较多，选用椭圆形河卵石片，两端开出线槽，略加打磨而成。另外，还有小型的石锛，如T10出土的一件小石锛，黑色硅质岩，平面呈梯形，单面刃，通体磨光，顶端略残，长2.7厘米，宽1.7厘米，厚0.5厘米，重5.4克（见图Ⅳ—2）。
图Ⅳ—2 大理海东银梭岛遗址新石器时代中期地层出土遗物
剑川海门口遗址是一处从新石器时代延续到青铜时代的大型遗址，位于剑川坝子南部甸南镇海门口村西北约1千米处的剑湖出水口，总面积5000多平方米。于1957年和1978年分别对遗址进行过发掘，2007年1～5月，省、州、县三级文物部门组成联合考古队进行了第三次发掘，出土了大量遗迹和丰富的遗物。地层共划分为10层，其中第9、10层属于新石器时代中期。第9层距地表140～160厘米，含大量植物茎叶、草秆，出土有半月形穿孔石刀1件，灰白色砂岩，半月形，双孔，凹脊。夹砂侈口残陶罐1件，为夹砂灰黑陶，圆唇，微鼓腹，素面。残圈足器1件，为泥质磨光黑陶，足口内敛，有九个倒三角形镂孔，圈足和器身交接处装饰有戳印点线纹，器底平。纹饰陶片1件，泥质黑灰陶，器表饰刻划条纹和戳印点线纹，另有少量炭化稻出土。第10层为黄褐色土层，距地表170～185厘米，含大量植物茎叶、草秆和少量陶片、石块。在地层中出土的陶器均为手制、器形较小，火候较高。年代大致在距今5000年（见图Ⅳ—3）。
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图Ⅳ-3 剑川海门口遗址新石器时代中期地层出土遗物
耿马石佛洞遗址位于耿马县的东南部，四排山乡勐省村，地理坐标位置，北纬23°22′02.2″、东经99°27′10.2”，海拔927米。遗址南距国境线约25千米，位于小黑江（属于澜沧江流域的南碧河流域）北岸半山腰石灰岩溶洞穴内，洞口高出江面约80米（见图Ⅳ—4）。于1982年云南省第二次全国文物普查时发现，1983年4月云南省博物馆文物工作队进行了第一次试掘。2000年云南省文物考古研究所等进行了抢救性发掘，2003年6～8月，云南省文物考古研究所、中国社会科学院考古研究所、成都市文物考古研究所等联合对其进行发掘，共布探方30个（编号T3～T32），发现了丰富的建筑遗存和相关遗迹现象，是一处从新石器时代中晚期一直延续到青铜时代的洞穴遗址，属于以新石器时代中期的为遗址的第9层即新石器时代中期的年代及开口于第8层下的遗迹和遗物。
图Ⅳ—4 耿马石佛洞遗址
该遗址未发现建筑遗存，开口于第8层下的仅有1个灰坑和1座墓葬。灰坑形制规整，平面呈圆形，直壁，平底，四壁光滑平整，坑内填土为红烧土块。出土陶罐1件，陶罐为夹砂褐陶，尖唇，敞口，卷沿，圆肩，弧腹。肩部饰有水波划纹，肩部以下通饰绳纹。肩部以上打磨处理，有明显的轮磨痕迹。灰坑内出土石器为磨制石器，石镞、石斧、石锛材质为玄武岩，刃部磨制精细。砺石用褐色砂岩制成，形状呈不规则长方形，平面有较深的磨痕。与同段地层中出土的同类器物接近。同段第9层中出土的遗物以陶器为主，数量较少，种类也较为单一。常见的为夹砂褐陶、灰褐陶、褐陶、灰陶等夹砂陶器，多清晰可见方解石或石英石，胎壁较厚，火候较高，约占全部陶器的75%。另有少量磨光黑陶、褐陶、灰褐陶，泥质陶较少见。器身纹饰以绳纹、弦纹、草叶划纹、附加堆纹为主，较少见复合纹饰带，而绳纹陶占全部陶器的60%多。主要器形有钵、豆、碗、釜、花边口沿罐、高领罐、器盖、盆形器和壶形器等。有少量的陶拍、纺轮、尊形器等，不见簋形器。口沿装饰有抹断绳纹或压印锯齿纹的花边口沿罐，是其最具特色的器物。石器出土数量较少，石质为砂岩、闪长岩、板岩、玄武岩等。在该层位打制与磨制石器共存，打制石器的打制痕迹显著，仅个别部位有磨制痕迹，大多数石器表面保留有自然面。器形有石斧、网坠、石环、半成品和石料等。墓葬应该为不规则长方形竖穴土坑墓，墓壁斜略直，近平底。人骨保存较差，严重腐蚀，为一次葬，葬式为侧身曲肢葬。未发现随葬品，墓主人性别为成年女性。骨器仅见1件骨镞，尖部残，平面形状呈柳叶形，断面呈椭圆形，磨制较为精细。另外，还有1件穿孔牙饰，牙尖略残，上端有一对穿圆孔，表面光滑。（见图Ⅳ—5）[2]
图Ⅳ—5 耿马石佛洞遗址新石器时代中期地层出土器物
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