1989年8月，根据蒙自市文化部门所提供的线索，红河哈尼族彝族自治州文管所和蒙自市文化馆组成联合发掘队，对蒙自市文澜镇红寨村黄家山马鹿洞古人类遗址进行科学发掘工作，出土了丰富的古人类的头骨、颌骨、牙齿及肢体化石，发现有火塘、灰烬、炭屑、烧骨、烧石、红烧土等用火遗物、遗迹。石制品材质有紫红色砂岩、硅质岩、粗砂细砾岩、石英岩、燧石、玄武岩、铁矿石和灰岩等，以砂岩和硅质岩居多。石料来自河滩砾石，可分为石锤、石核、砍砸器、刮削器、人工痕迹砾石等，学术界将其定名为“蒙自人”[20]。
人类化石有头骨、颌骨、牙齿及肢骨等，共10件。其中头骨4件，3件为若干块头骨片和1件完整的头盖骨。这代表4个个体，其中有2个头骨的骨片经过火烧（见图Ⅱ—14）。
图Ⅱ—14 蒙自马鹿洞遗址及出土的人骨化石
保存较完整的头盖骨，包括额骨、左右顶骨。顶面观为卵圆形，属长颅型。眉弓粗壮在眉间部相连呈骨脊状凸起，和额骨有一过渡形成浅宽的眶上沟，眶缘圆钝。额骨较倾斜，额结节和顶结节均不显著，整个头盖骨较粗大、厚重，应代表一个30多岁成年男性个体。头骨最大宽在顶结节处，最大高在囟门位置，但厚度大，额鳞较倾斜，眉弓粗壮，具有隆起的矢状脊。云南省文物考古研究所与国内外各专业学术机构合作启动“云南晚期智人及其文化多样性研究”课题，通过研究认为“新发现的云南蒙自马鹿洞人股骨特征显示其比头骨更为原始，新的发现肯定了马鹿洞遗址存在神秘的古老型人类种群”[21]。
通过云南蒙自马鹿洞人类股骨的最新研究显示，虽然其年代为距今14000年左右的最后一次间冰期之末，但其特征却与最古老的人类（如至少150万年前的非洲的能人和欧亚大陆的直立人）极其相似，且可能与早期现代人共存在同一区域。这一发现为东亚地区人类进化的研究提供了全新的视角[22]（见图Ⅱ—15、16）。
图Ⅱ—15 蒙自马鹿洞遗址出土的人类股骨(www.xing528.com)
图Ⅱ—16 马鹿洞股骨在人类进化时间表上可能的位置
与蒙自人伴生的文化遗物有石锤、石核砍砸器、刮削器和人工痕迹砾石器等石制品工具。均用来自河滩砾石打制，器型简单，以石核石器居多，而经过第二步加工的石片石器居次要地位。另外，还有少量角制工具，为鹿类角主枝，加工而成的角铲和鹿类犄角尖部制成的角锥。角器制作工艺较为成熟、定型化。从石器、角器及大量动物化石看，蒙自人过着以狩猎为主、采捞为辅的经济生活（见图Ⅱ—17）。
图Ⅱ—17 蒙自人石器及骨角器
近年来，云南省文物考古所积极与国内、国际各学术机构合作。运用多学科手段对其进行了深入研究，得出最新研究结论认为：“马鹿洞是中国云南东南部一个受西南和东亚季风气候影响的东南亚热带北部边缘更新世末期的一个含化石的人类长期活动洞穴遗址，出土了于最后间冰期湿热期沉积的古老型人类特征及古老型人类和早期现代人混杂特征的人化石，认为古老型人类骨骸多受到肢解、烧灼和染色，在洞内发现了保存了几乎连续的延续了1000多年的用火遗迹。与人骨化石伴生的动物化石仅仅为现生种，且偶蹄类和食肉类占优势，而且大多显示人为破裂和火烧特征。通过对出土动物群的古生态学重建和鹿类动物骨、牙稳定同位素的最新分析表明，马鹿洞处于或接近茂密的‘封闭’的森林环境。动物群组合也显示马鹿洞附近有大型水体存在。现代湖泊大屯海和长桥海在当时要比现在大得多。马鹿洞可能记录了一个全新的在蒙自盆地古湖泊边缘，且古老型人群与早期现代人相互作用的生业模式、持续控制用火、行二次葬礼仪实践的生态和行为情景。[23]”同时科学家还认为：“200万年以来欧亚大陆就有人类存在，马鹿洞遗址不同人群共存是欧亚大陆多波人群迁移交流的结果。这一发现对解决人类起源的‘多地区起源模式’和‘走出非洲模式’这一广泛争议的国际热点问题提供了新的思考，不断刷新的我国古人类学的发现和研究成果或许能用全新的视角来解译东亚早期现代人起源模式。[24]”
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