YCA的重复单位均为CA,YCAⅠ在欧洲白人中发现3个等位基因,长度为124~132 bp,GD值为0.10。YCAⅡ发现有28个等位基因,长度为147~165 bp,GD值为0.67,突变率0.123%,是一个多复制标识点,包括YCAⅡa和YCAⅡb两个片段。
YCA重复单位为2个碱基,所以Stutter带较多,较重,结果判断时应慎重。2 bp长度的Y-STR因为电泳时产生的Stutter带很重,会干扰分型,近来已被淘汰不用。Prinz等报道,在检验Y-STR时用Gold Taq酶代替Taq酶,Stutter带可以减轻或消失。
YCAⅠ参考引物序列:①5'-CCCATGCCTGTTCTCCAGATT-3';②5'-GAGAGTGTGACACATCAGGTA-3'。
YCAⅡ参考引物序列:①5'-TATATTAAATAGAAGTAGTGA-3';②5'-TATCGATGTAATGTTATATTA-3'。
PCR反应体系(50μL):1UTaq聚合酶,0.1~0.8μmol/L每引(第一个引物用荧光物质标记),200μmol/L每dNTPs,1.5 mmol/LMgCl2,50 mmol/LKCl,10 mmol/LTris-HCl(pH8.3)。
PCR扩增条件:(YCAⅠ、YCAⅢ)94℃3 min,94℃60 s,55℃60 s,72℃90 s,30个循环。(YCAⅡ)94℃3 min,94℃60 s,45℃60 s,72℃90 s,30个循环。(www.xing528.com)
1999年,Matsumoto等采用PAGE-EB染色法检测YCAⅡ,方法如下:
PCR反应体系(100μL):100 ngDNA,2.5 IUTaq酶,10 mmol/LTris-HCl(pH8.3),16.5 mmol/L(NH4)2SO3,10 mg L/mLBSA,200μmol/L每dNTPs,2 mmol/LMgCl2,0.5μmol/L每引。
PCR扩增条件:(YCAⅡ)94℃1 min,55℃1 min,72℃1 min,30个循环。
检测:8%变性或非变性PAGE,槽胶Buffer均为TBE,500 V,4 h,EB染色。上样前PCR产物用Microcon-100处理。
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