（1）尽量使用女性实验人员。
Y染色体检测的应用范围很广，除了用于刑侦，还可用于亲子鉴定、人类起源和进化研究等；也可以为认亲、移民、户籍和计划生育管理等提供科学依据。Y-DNA有种属特异性，对马、狗、猪、牛、羊、猫、鸡、鸭、鼠、兔、鱼和大肠杆菌样本进行检测，结果均未检出特异分型。
防止可能的Y-DNA污染，是采集和检测过程中需注意的。污染包括：采集或处理样本的工作人员的DNA污染；采集物证时，工具未清洗干净，在样本间造成污染；物证处置不当，相互没有隔离，或包装不严，造成样本间的相互污染；实验室分区管理不严格，扩增产物污染。
姓氏检测涉及了Y染色体。男性都有Y染色体，而女性没有。所以一般使用女性为实验人员，防止可能的Y-DNA污染，从实验室管理上来说要方便一些。对于女性实验人员，也要加强管理，与之有日常接触的男性，如父亲、丈夫、儿子等，要有备案材料，如有污染可及时发现。
（2）检材有可能被调换或伪造。
采集和取样要依法正规进行，防止偶然因素介入，故意造假，以逃避惩罚。如1986年英国的1起案例，是DNA分析第一次在刑事案件中应用，就涉及了检材被调换的问题。
案例 1986年，两个年轻女孩，Lynda Mann和Dawn Ashworth，先后于1983年和1986年在遭到性攻击后被残忍杀害。两起谋杀案发生在英国Leicester郡Narboroμgh村附近地区。相似的作案手法使警方怀疑凶案是同一个人所为。一个当地人招供杀害其中一名女孩，但是将其血液与犯罪现场收集到的精液对比，却未匹配。DNA第一次应用的结果证明了无辜者的清白。为了彻底搜查杀人凶手，警察收集了当地3个村庄所有成年男性的血样进行DNA分析，检测超过了4 000名男子，但无一匹配。约一年后，一名妇女在公交车上听到有人夸耀是如何用自己的血样代替朋友Colin Pitchfork的血样。警察随即拜访了Pitchfork，并采集了他的血样，他的DNA分型与两起杀人现场的精液匹配。后来，Pitchfork被判处终身监禁。
DNA转移，即细胞遗传物质在不同个体及个体与物体间传递，也可能造成DNA分型出错。我们接触人或物，说话甚至洗衣服时，难免会发生DNA转移，且很难溯源。由于每个人身上脱落的细胞数量不一样，某一物体上最清晰的DNA图谱不见得来自最后一个接触该物体的人。如果取样时小心谨慎，可以最大限度避免样本受污染，但DNA转移几乎无法避免。这是面对检测结果的时候需要注意的。
另外，随着DNA技术的普及和反侦察意识的出现，现场出现无关人员DNA材料的可能性大大增加，需要加以鉴别。一些嫌疑人为了混淆视听，逃避责任，可能会将随手捡来的含有他人遗传材料的烟头、矿泉水瓶、果核等丢弃在现场。随着Y库的普及，这些DNA标本可能会很快找到来源，但这些无关人员会干扰案件的侦破，甚至造成冤假错案。
（3）节约和有效。
Y-DNA破案法属于生物技术，检测成本高。采集和检测的过程，要注意节约成本，提高效率，防止浪费。对于已经侦破的案件，血样和现场的标本要建库存档，以备未来之需，所以不能随意丢弃。
（4）累积效应。(www.xing528.com)
Y染色体鉴定是成熟的技术体系，最初是亲子鉴定中在完善实验室管理的基础上产生的附加效益。姓氏检测的新功能是在数据库健全的基础上逐步完善的。样本库过小，就会频繁出现送检样品检不出结果的情况。因而需要不断扩大Y库中的数据积累，保证检出率。
（5）保密原则。
Y库是社会资源，不能简单视作某一个人或行政单位的私产。Y染色体鉴定涉及复杂的伦理和社会问题，因而对数据库的维护使用要有监管，对检测结果要有保密意识。在家族中进行Y-STR检测，往往会触及族群隐私，所以检测结果应当对外保密。
（6）留样复检。
对于已经提取Y-STR的检材，要编号留样保存，以便复检。因为提取YSTR只是取其一小部分，一般并不是全部的DNA信息。生物样品须同时绑定姓名、年龄、出生地、籍贯等个人信息，以备查验，每个样品都应该有档案记录。血斑或检材要干燥处理，以便长期存放。用完的血斑仍然放到库中保存，以供日后复检。
（7）结论的相对性。
姓氏检测结论要留有余地。检测的结论是相对准确的结论，要反复核对，逐步缩小范围，直到最后锁定目标，完成两两比较，形成准确的结论。姓氏检测的精度有限，尤其是对结果有疑虑的时候，要反复确证。必要时从头来过。
（8）DNA证据的科学审查。
DNA取证过程中，发现、提取、保存、送检各个环节要注意防止污染，取材时要密封保存，不能开放式。DNA实验室管理要标准化、严格，防止外源污染。DNA证据要配合传统的证据体系，如指纹、唇印、ABO血型系统检验等。注意现场勘查，明确生物检材与案件的关系，避免把无关人员的检材当作嫌疑人的检材，以降低办错案的可能性。
（9）预试验。
预试验，是正式试验的探索阶段。在预试验过程中，会发现各种问题。发现和解决问题，是试验成功的保证。
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