数据的对比分析是Y-DNA姓氏检测最重要的环节，搜索软件是Y-STR数据库的核心。将待测数据输入数据库中，利用软件，可以迅速完成查询比较。
对比的结果一般有3种：
（1）直接比中：待测样本与数据库中的信息完全匹配，可直接根据数据库中的已知信息得知待测样本的家族姓氏，以及相关的历史文化信息。
（2）对比不出：由于数据库内容少，没将所查家系收入在列。需要进一步将数据库完善健全。
（3）对比结果较多，无从选择：出现对比结果较多的原因主要有：①选择的Y-STR位点少，尤其是高突变的位点选择少，近亲间有差异没显示出来；②出于姓氏家系分布的复杂性，需要与常规方法结合排除或确认。(www.xing528.com)
一般在大规模排查中，一板96个样品中总有未能分析通过的样品，可使用sort键归总，并浏览原始数据窗口，判断未通过的原因并进行修正，必要时重新上样检测。
应用软件自动数据对比功能，可大大节省空间，避免了手工对比的误差，提高了效率。对于仅有一两个基因座不符合的嫌疑样本要格外引起注意，不要简单盲目地排除，因为可能会有突变的因素在内，以免影响结论的准确性，这种情况下需要加做基因座来解决。
Goedbloed通过Y-filer试剂盒对已确定父子关系的样本进行突变率研究，发现这些突变样本中98.8%的样本都相差一个核心重复单位，只有1.2%的样本发生多个核心重复单位的改变，并且在DYS438这个位点，多重复改变出现的频率比单重复改变的频率要高。
Kurihara等人通过对不同地区的父子对进行研究，发现Y-STR基因座的平均突变率接近0.2%。Kayser报道，在4 999例已通过DNA分析证实亲子关系的父子中，发现父子间1个Y-STR基因座分型突变率在0.28%，有2对父子存在2个Y-STR基因座的变异。因此，对于数据的分析，应充分考虑变异情况，当有3个或3个以上Y-STR基因座分型差异时，才能排除父系遗传关系。
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