目前，检测可用的Y-STR基因座有500多种，而且有日益增加的趋势。选择符合扩增能力强、多态性高、适合中国人群的基因座，是建立Y库的基本要求。选择和确定合适的Y-STR复合检测系统，及时做出分析，不仅节约费用，而且会取得事半功倍的效果。
但是，选择什么样的遗传标记，选择多少个遗传标记，还需要对这些基因座的多态性进行研究，不断完善各个基因座的群体遗传学参数，从而筛选能够满足建立Y库所需的基因座。5～6 bp重复单位的基因座比3～4 bp重复单位的基因座突变率低，在群体遗传学和进化学研究中的意义更大。随着分子生物学、遗传学的不断发展，相关研究的逐步深入和技术人员的不断探索，多态性高、稳定性好、适合中国人群的Y-STR位点将被筛选出来。结合Y-STR数据自动对比功能的不断更新完善，各地区的Y-STR数据库正在逐步建立健全。
选择STR扩增体系的时候建议遵循以下原则：
（1）筛选退火温度相近、相互间及引物在靶片段之外同源程度低的基因座作为一个反应体系。
（2）确保扩增产物的特异性和平衡均一性。
（3）需要系统研究所需基因座的遗传特征，如多态性、稳定性、扩增特异性以及统计在人群中的分布频率等。(www.xing528.com)
（4）引物设计尤为关键。除了基因座的长短适中、具有相似的物理特性和反应动力学特点、Tm值相近、GC含量等一般的引物原则以外，还要尽量避开与X染色体的同源体。
（5）为了优化标记染料的PCR产物的大小范围，移动调整Y-STR两侧的侧翼区引物的位置，PCR产物的大小可方便调整。
（6）引物的设计和选择上，应避免形成引物二聚体（Primer dimmers，PDs）。
Y-STR基因座与STR基因座除了位置不同外，并没有物理化学上的特殊性，因而上述选择STR的原则在Y-STR的选择时仍然有用。此外，Y-STR检测体系等位基因分型标准物峰高均衡、明确，且等位基因覆盖完整，也是一项基本要求。
Y-STR有很大的潜在商业用途，大部分Y-STR在公开发布时可能已经取得了相关的专利保护。所以，选择Y-STR时也要考虑该基因座是否有专利保护，以及是否在专利保护期之内。
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