基因座的命名是有顺序、有规律的。人类基因组中，每个基因座用数字编号来命名，使之没有重复，便于检索，可以像查字典一样方便查找。
一般而言，位于非编码区的基因座用DnSm表示，是在某一条染色体中的位置。D代表DNA，n是基因座所在的染色体的编号，S指单复制序列，m是基因座在染色体上的序号，如D13S317，表示第13号染色体上的第317号基因座；再如D5S818，表示第5号染色体上的第818号基因座。
Y-STR的命名以DYSm表示。D表示DNA，Y指Y染色体，S是单复制序列，m指基因座在Y染色体上的序号；如DYS19，表示Y染色体上的第19号基因座。还有以核心序列命名的，例如YCA，是Y染色体上基因座，重复单位为CA两个碱基。再如Y-GATA-A7.2（DYS461），是Y染色体上以GATA为核心的重复顺序。
STR基因座的等位基因，以核心序列重复的次数命名。例如D13S317基因座，其核心序列为GATA，基因片段中的GATA重复8次，等位基因命名为8，重复12次，命名为12。如果检测到D13S317基因座的表现型为“9，14”，说明此基因座是杂合子，来自父母的一对等位基因一个重复了9次，一个重复了14次。(www.xing528.com)
还有一类，因为发生了插入或缺失突变，为不完整的核心序列，即不完全等位基因，其碱基数目在小数点后面标记。例如，酪氨酸羟化酶基因TH01位点如果检测出等位基因“9.3”，说明其核心序列（TCAT）n中n=9，即TCAT重复了9次，并且包含了一个CAT，所以命名为“9.3”。
位于编码区的基因座按照编码区基因座命名，如酪氨酸羟化酶基因TH01，01所涉及的重复区定位于酪氨酸羟化酶第1个内含子。有时在一个基因座名字前加一个前缀HUM-，表示来自人类基因组。因此，STR基因座TH01正确的写法是HUMTH01。此外，还有Y-GATA-A10、Y-GATA-C4和YGATA-H4，也是编码区的标记。其中，C4是补体蛋白基因，H4是组蛋白基因。
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