二审程序又称上诉程序。我国实行两审终审制，因此，二审判决就是终审判决。海关行政诉讼二审程序是指上级人民法院依照法律规定，基于当事人在法定限制内对海关行政诉讼一审判决所提起的上诉，对尚未生效的海关一审行政判决或裁定进行审理的程序。二审判决就是人民法院适用第二审程序审理案件所作出的判决。海关行政诉讼二审程序因海关行政诉讼当事人的依法上诉而发生，并不是每一个海关行政案件的必经程序。依据《行政诉讼法》第89条规定，二审判决类型主要有驳回上诉、维持原判和依法改判三类。除此之外，第二审法院可以裁定[76]撤销原判，发回重审。
（1）判决驳回上诉，维持原判。二审法院经过审理，认为海关行政诉讼一审判决认定事实无误，适用法律、法规正确，并认可其合法性的，判决确认其法律效力，驳回海关行政诉讼当事人的上诉。
（2）依法改判。第二审人民法院用判决的形式直接改正一审判决。该种判决适用于海关行政诉讼二审法院认为海关行政诉讼一审判决认定事实清楚，但适用法律、法规存在错误的情况。(www.xing528.com)
（3）裁定撤销原判，依法改判或发回重审。第二审人民法院对于海关行政诉讼一审判决认定事实不清，证据不足，或者由于违反法定程序可能影响海关行政诉讼案件正确审理的案件，可以在查清事实后改判或者发回重审。二审中发回重审的情形有：①一审判决认定事实不清，证据不足，或者由于违反法定程序可能影响海关行政诉讼案件正确审理的案件；②一审法院遗漏必须参加的当事人或漏判必须判决的诉讼请求，必须发回重审；③一审法院遗漏的是赔偿请求，第二审人民法院经审理认为依法应当予以赔偿的，在确认被诉具体行政行为违法的同时，可以就行政赔偿问题进行调解；调解不成的，应当就行政赔偿部分发回重审。一审法院遗漏的是赔偿请求，第二审人民法院经审查认为依法不应当予以赔偿的，应当判决驳回行政赔偿请求。
我国行政诉讼案件实行两审终审制，上诉案件一经判决即发生法律效力。虽然当事人认为判决存在错误，还可以申诉，但申诉期间不停止判决的执行。因此，一般而言，海关行政诉讼二审判决一经作出，诉讼程序即告结束。这里之所以用“一般”，是因为《行政诉讼法》规定对二审法院经审理的上诉案件，裁定发回原海关行政诉讼一审人民法院重审的，当事人对重审案件的判决、裁定，还可以如同普通海关一审案件一样提出上诉，由上一级人民法院重新进行二审[77]。
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