1．备案前置原则
根据《知产保护条例》的规定，知识产权权利人即使没有将知识产权向海关备案，仍然有权请求货物进出境海关实施保护措施。但是，由于执法实践中多数案件均是通过海关主动保护模式查获的[52]，因此，备案仍然非常重要。权利人要想海关主动采取措施保护自己的权利，最经济有效的方法就是到海关总署备案。采取备案前置原则，目的是有目标有重点地保护知识产权，也可以使海关对申请保护的知识产权进行初步的权利审核和有效性审核，防止无权提出保护申请的企业或个人提出保护申请。权利人在备案时，提供有关知识产权的权利状况、权利人的联系方式、合法使用知识产权情况、侵权嫌疑单位、有关图片等信息，使海关有可能在日常监管中确定查验重点，有的放矢，及时比对，一旦发现侵权货物能及时联系权利人。最后，备案还可以对进出口侵权货物的企业起到一定的警告和震慑作用。在近几年的广交会上，一些参展企业将海关总署颁发的《知识产权海关保护备案证书》摆放在展台的明显位置，表明了打击仿冒及坚决维权的态度[53]。
2．保护知识产权与方便合法进出相结合原则
保护知识产权与方便合法进出相结合说明海关有保护知识产权的权力，包括禁止侵权产品进出境、对侵权产品依法进行处置。海关在行使保护知识产权权力的同时，应当避免妨碍合法的进出境活动。因此，法律在赋予海关知识产权保护权的同时，规定了实施知识产权保护的严格程序，规定了被申请人在海关依法实施知识产权保护权时的权利，包括提出异议权、举证权等。必要时与专利权有关的进出口收发货人可提供规定数额的担保金，要求海关放行货物等。
3．主动保护与被动保护相结合原则
主动保护是指海关从维护社会公共利益的目的出发，依法履行作为国家进出境监督管理机关的职责，有权将在海关总署备案的、侵犯受我国法律保护的知识产权嫌疑的货物进出境情况及时通知权利人，并在其申请扣留并提交担保之后采取扣留等措施。被动保护是指进出境地海关根据知识产权权利人提出的采取保护措施的申请及收取其提交的担保之后，对进出境侵权嫌疑货物采取的扣留措施。
主动保护与被动保护相结合，即海关一般情况下应权利人的请求采取保护措施，因此建立有申请备案和申请扣货的制度。同时又规定对于已在海关总署申请并获批准备案的知识产权，海关发现侵权嫌疑时应及时通知权利人，并在其申请之后采取扣留措施。采取主动保护与被动保护相结合的原则，既体现了海关作为知识产权边境保护主要部门的主动性和职权性，又体现了倡导权利人积极维权及保障私权自治的特征。
4．私权自愿启动扣留及处理原则
知识产权是权利人的私权，海关在设计主动保护与被动保护的时候，均明确必须由权利人按法定程序提交担保并申请扣留，海关才能实施扣留，在主动保护的模式下，海关还能依法作出处理，但这些作为的前提仍然是权利人自由自愿行使的私权在起启动作用。因此，只要权利人未按法定程序提交担保或者申请扣留，海关不得主动采取扣留措施，更不得主动作出处理或处置。而且私权在没收后的侵权货物的处置中也起到很大作用，根据《知识产权保护条例》第27条规定，知识产权权利人有收购意愿的，海关可以有偿转让给知识产权权利人。由此可见，权利人的私权在知识产权海关保护的全过程都发挥了极大的能动作用，这与海关处理走私行为或影响海关监管行为的案件有很大区别。(www.xing528.com)
5．不介入当事人民事纠纷原则
知识产权是权利人的私权，确定知识产权是否受到侵犯及对于受到侵害的权利人给予法律上的补救，主要是私法规定的内容。海关是维护进出口贸易秩序的行政执法机关，海关对有关贸易领域的知识产权实施保护，目的在于制止侵权产品进入国际贸易流通领域，从而维护国际贸易秩序。如果权利人或收发货人已经向法院提起诉讼，海关不应介入其中，既不能对是否侵权作出判断，也不能就当事人应如何承担责任及损害赔偿数额等发表意见。
6．担保与反担保相结合原则
权利人要求海关扣留侵权货物的条件之一是向海关提供担保。反担保是进出口货物的收发货人认为海关扣留的货物没有侵犯权利人的权利，要求海关放行货物的担保。海关的知识产权执法，既要考虑权利人的利益保护，同时要防止权利人滥用权利，规定了担保与反担保制度。关于反担保的适用，根据《知识产权保护条例》规定仅限于专利侵权嫌疑的进出口货物。
7．非商业性侵权物品有限豁免原则
根据《TRIPs协议》第51条“海关停止放行”的规定中，在实施知识产权海关保护的国家和地区，通常都是针对侵犯知识产权的进出境货物。同时根据《TRIPs协议》第60条关于“成员可将旅客个人行李中携带的或在小件托运中运送的少量非商业性商品，排除于上述规定的适用范围之外”的规定，对携带、邮寄进出境的少量非商业性侵权物品采取有限豁免原则，不以侵权货物论处，由海关径予放行。我国《知产保护条例》第31条规定：“个人携带或者邮寄进出境的物品，超出自用、合理数量，并侵犯本条例第2条规定的知识产权的，按照侵权货物处理。”换言之，自用、合理数量范围内的侵权行邮物品，可不以侵权货物论处。
8．保守商业秘密原则
根据《知识产权海关保护条例》第6条，海关实施知识产权保护时，应保守有关当事人的商业秘密。商业秘密是指不为公众所知悉，能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。海关通过知识产权的备案、申请等环节掌握了权利人大量的经营信息，如与知识产权有关的货物的进出口正常价格、客户资源等，均属于商业秘密的范畴。海关在实施知识产权保护措施的过程中，既要将具有侵权嫌疑的货物情况告知权利人，保障其知情权，又要注意保守当事人的商业秘密。
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