但是，对一批追求民主、革命立场坚定的报刊，袁世凯则毫不留情地进行迫害与摧残。捣毁、查封报馆和殴打、逮捕、驱逐、杀害报人的事件时有发生。1912年6月，袁世凯指使内务部总长赵秉钧出面，派出军警200余人，包围、打砸北京《中央新闻》，绑走该报经理、主笔等工作人员11人。8月，袁世凯政府通过法国驻华公使，指令天津租界当局，将《民意报》逐出租界。上行下效，各地反动势力也开始对革命、进步报刊进行迫害与摧残。在武汉，黎元洪在8月8日下令查封武汉《大江报》，罪名是该报馆为“乱党秘密机关”。《大江报》主笔凌大同被扣以“言论专取无政府主义”的罪名，由黎元洪亲自下令逮捕、斩首，并将头颅挂在城门口示众。接着，在不到半年的时间里，黎元洪又查封了《民心报》《民听报》《帝民报》《群报》《民哭报》等革命报纸。在湖南，长沙《大汉民报》因对军队有所批评，被旧军官率队捣毁；《岳阳日报》因对当地筹饷局“不论贫富，值十抽一”的规定表示了一点异议而被当局查封，主笔被捕。在福建，福州《民心日报》《群报》只因消息中揭载了当地官吏的不法行为和同情民军，就被强行查封；《民心日报》发行人受通缉；《群报》总编辑被杖责后收押，两名记者遭暗杀。在四川成都，仅仅在1912年一年内，就有《四川公报》《中华国民报》《蜀报》《蜀醒报》等多家拥护共和的报纸被当地军阀查封或唆使军人捣毁；《蜀报》记者朱山竟以“企图炮轰都督府”的莫须有罪名而被斩首。
即使是同盟会——国民党掌权的地区，一些骤升高位的当权者为维护与发展自己的权势，也动辄封报杀人。原《中国日报》记者、民军总长黄世仲因对遣散民军问题有所不满，被广东代理都督陈炯明杀害。广州《公言报》《佗城报》为黄世仲被杀鸣不平，陈炯明立即下令查封报馆，发行人陈听香被杀害。浙江绍兴军政分府都督王金发纵容士兵将批评他的《越华日报》砸毁，欧伤该报工作人员17人，其中1人伤重不治而死。
袁世凯在其统治地位稍稍巩固后，又以总统、中央政府及其组成部门、各级地方政府的名义发布具有法律效力的命令，进一步钳制新闻事业。
1912年年底至1913年年初，在国会参众两院选举中，宋教仁领导下的国民党取得了压倒多数的胜利，袁世凯的独裁统治受到了严重威胁。于是，袁世凯便唆使赵秉钧，派人于1913年3月20日在上海将宋教仁刺杀。为了瞒天欺世，京师警察厅在1913年3月11日，即宋教仁事件发生前夕，就向各报转发了陆军部、内务部的命令，以防止泄露外交、军事机密为借口，宣告自即日起由陆军部派员对各报拟刊载的新闻稿实行预检，违者军法处之。3月20日宋教仁遇刺后，为防止事件的真相被新闻界揭破，袁世凯又由陆军部出面下令各地报纸；“定二年三月二十一日起，由部派员实行检阅签字办法”。凡登载军事外交事件，不服检阅者，“立即派员究办”，严重者“科以军法”。[3]但是，纸终究包不住火。举国上下，舆情哗然。上海《民立报》从宋案发生的第二天起，每天以整版篇幅连续报道宋案的经过，刊登凶手的供词和袁党往来的密电等，用铁一般的事实证明袁世凯就是刺杀宋教仁的幕后元凶。广州创办了《讨袁报》，一些报纸也出版了反袁专刊。即使是在袁世凯巢穴北京出版的国民党报纸，也不顾安危，发表了声讨袁世凯的言论。《民国报》撰文明确指出：“击宋君者非亡命之徒，乃吾人之政敌也。”《国风日报》发表社论猛烈抨击袁政府“谋叛，暗杀，卖国”，是“杀人政府”。一些非国民党报纸这时也看清了袁世凯的嘴脸，加入了反袁宣传的行列。于是，袁世凯不得不亲自上阵弹压舆论。5月1日，袁世凯发布总统令，规定：凡罪案未经审讯前，报纸不得刊载。同月，内务部通令各地报刊不得使用“万恶政府”“政府杀人”“民贼独夫”等字样，违者从严取缔。6月17日，内务部又两次通令全国各报，不得就“宋案”和善后大借款事进行“谩骂”与“泄露机密”，否则按“报律”议惩，公然将已废止的亡清《钦定报律》重新搬回民国的报坛。[4]从此，报馆、报人被警告训斥、传讯罚款、搜查封禁，报人被捕被杀的事件接连不断，北京《国风日报》、天津《新春秋报》和《民意报》、汉口《震旦民报》等一大批国民党系统的报纸遭封禁。(www.xing528.com)
为了推翻袁世凯的统治，再造共和，孙中山领导的国民党于1913年（农历癸丑年）7月发起“二次革命”，又称“癸丑之役”，江西、南京、上海、福建、湖南、广东、四川等省市，或宣布独立，或起兵反抗。“二次革命”爆发后，袁世凯政府颁发的新闻禁令更是一个接着一个，并要求全国所有的报刊重新登记注册。
“二次革命”终因敌我力量悬殊而失败。之后，袁世凯政府借军事胜利之淫威，把国民党诬指为“乱党”，对国民党系统的报刊以及其他异己报刊大肆摧残，凡国民党系统的报刊一律扣以“乱党报纸”罪名而查封。
北京、天津、武汉、广州、长沙、成都、福州、南昌、开封等地国民党系统的报刊全部被查封。非国民党系统的报刊，只要有碍袁世凯的独裁统治，也被乘机剿灭。一些本来拥袁的报纸也有因“城门失火”被殃及者。在北京，《超然报》本是军阀江朝宗津贴的报纸，因刊登《顺天府中之黑幕》一则消息，被赵秉钧指为“诋毁军人名誉”而被查封。政治上相当保守的《正宗爱国报》，因一个编辑写的时评中有“军人为国家卖命，非为个人卖命。若为个人，可谋生之处甚多，何必从军”等语，就被扣上“迹近通匪，煽惑军心”的罪名而被查封，该报社长丁宝臣后来也遭到枪杀。[5]在广州，袁世凯的代理人龙济光在一天之内就查封了《中国日报》《平民报》《中原报》《民生报》《讨袁报》《觉魂报》六家反袁的国民党报纸。教会报纸《震旦报》因言论激烈而被封，发行人康仲荦被杀。一向“拥护中央”的《粤声报》《民治报》《公论报》等，因被怀疑与国民党的粤军和民军有关联，也先后被查封。在福州，《福建民报》《群报》《共和报》等被封，主笔被捕。在开封，《民立报》编辑敖瘦蝉撰写了一副悼念宋教仁的挽联：“目中竟无拿破仑，宜公先死；地下如逢张振武，说我就来。”这副对联发表后，敖瘦蝉被袁世凯的爪牙逮捕并枪决。[6]上海的情况稍有不同。《民立报》《民权报》《民强报》《天铎报》《国民日报》等国民党报纸，因在上海租界内出版，袁世凯政府无权直接查封，但由内务部明令各地“禁止售卖”，致使这些报纸发行受阻，印数骤降至几百份，因经济上难以维持而被迫停刊。《中华民报》则因总编辑邓家彦被袁世凯政府咨请租界当局逮捕、判刑而停刊。据统计，到1913年年底，全国继续出版的报纸只剩下139家，较之民国元年的500多家锐减300多家，北京的上百家报纸也只剩下20余家。报刊减少2/3，报人大批被捕被害，因而在中国新闻史上把“二次革命”失败后袁世凯对新闻界的大扫荡称为“癸丑报灾”。在“癸丑报灾”中劫后余生的报刊，其报馆大多设在上海、天津等地租界里。
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