税务专家到企业现场进行调研后，发现其存在筹划的空间，同时提出两种企业设立模式可供选择（假设新上养殖企业为A，水产品初加工企业为B，水产品深加工企业为C）。
方案一，新设立独立核算的水产养殖场，原企业的机制不变，即“A，B+C”模式
在保持原有组织架构不变的前提下，将新成立的企业单独核算。根据财税[1995]52号文件中《农业产品征税范围注释》对动物类水产品的规定，水产品是指人工放养和人工捕捞的鱼、虾、蟹、鳖、贝类、棘皮类、软体类、腔肠类、海兽类动物，包括经冷冻、冷藏、盐渍等防腐处理和包装的水产品。干制的以及未加工成工艺品的贝壳、珍珠，也属于本货物的征税范围。新上独立核算的养殖企业A是直接从事动物饲养的单位，所生产销售的产品为注释所列举的自产农业产品，免征增值税。所以，应纳增值税为零。
原加工项目（即B+C）是具有法人资格的独立核算的加工企业，B+C企业用养殖企业A的产品进行生产加工，所耗用的原材料应按独立交易原则作购进业务处理。根据财税[1995]52号文件的规定，水产品初、深加工所需的原料对该企业B+C来说，属外购的农业产品，虽然所生产出来的初加工产品仍属于财税[1995]52号文件列举的农业产品，但不属于财税[1995]52号文件规定的免税范围，同深加工产品一样应征收增值税。
2013年应纳增值税为
16000×13%-1660.14=419.86（万元）
方案二，调整组织架构，将水产品深加工C企业分立出去，即“A+B，C”模式(www.xing528.com)
将新组建的企业以非独立核算的水产养殖场的形式经营，与水产品初加工企业捆绑在一起，将水产品深加工企业分立出去，独立核算。由于该企业原来的水产品初加工（冷冻、冷藏、盐渍等防腐处理真空包装后）环节所生产的产品虽然是财税[1995]52号文件列举的农业产品，但由于该企业不是农业生产者，不符合“农业生产者销售的自产农产品”的免税条件。而将新组建的非独立核算的水产养殖场与水产品初加工企业捆绑在一起后，该企业由“外购农业产品生产、加工后仍然属于注释所列的农业产品”行为变为“农业生产者销售的自产农产品”行为，符合财税[1995]52号文件规定的增值税免税条件。
至于水产品深加工（熟制风味水产品）环节，由于最终产品不是财税[1995]52号文件列举的农业产品，不属于文件规定的免税的范围。因此，将深加工环节分立出去，独立核算，按照规定税率征收增值税。
新组建的水产养殖项目与初加工环节（即A+B）取得的制造费用进项税金136万元中，应由加工环节负担的部分作进项税转出处理，不得抵扣进项税额。所以，应纳增值税为零。
水产品深加工的C企业，经测算其深加工原料成本2400万元，其中原材料成本2200万元，制造成本200万元。取得进项税金362.74万元，其中原材料进项税金328.74万元，制造成本进项税金34万元。
2013年应纳增值税为4000×13%-362.74=157.26（万元）
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