《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）规定，企业在不再持续经营，发生结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有者分配剩余财产等经济行为时，应当对清算所得、清算所得税、股息分配等事项进行企业清算的所得税处理。
企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。用公式表示如下：
清算所得=全部资产可变现价值或交易价格-资产的计税基础-清算费用-相关税费+债务清偿损益-弥补以前年度亏损
债务清偿损益=债务实际偿还的金额-债务的计税基础
相关税费是指企业在清算过程中发生的税费，不包括以前年度所欠税款。企业清算应交土地增值税，计算如下：(www.xing528.com)
《土地增值税暂行条例》第六条规定，转让旧房及建筑物按照评估价格计算土地增值税的扣除项目金额。《土地增值税暂行条例实施细则》第七条第（四）项规定：“旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。”
《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第二条关于转让旧房准予扣除项目的计算问题规定：“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为‘与转让房地产有关的税金’予以扣除，但不作为加计5%的基数。对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》）第35条的规定，实行核定征收。”
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）规定，《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第二条第一款规定“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。
B公司取得土地使用权支付价款1000万元，房产购置原价1400万元，房地产总成本2400万元，已经折旧（摊销）10年，每年加计扣除5%。土地评估价值5000万元，房产评估价值1500万元，房地产评估价格6500万元。根据《财政部 国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）第（二十）项规定：“单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。单位和个人销售或转让抵债所得的不动产、土地使用权的，以全部收入减去抵债时该项不动产或土地使用权作价后的余额为营业额。”
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