为加强土地增值税清算的管理，国家税务总局将房地产开发项目清算的条件划分为应当进行清算和要求进行清算两类。
1.纳税人的房地产开发项目符合下列条件之一的，应当进行土地增值税的清算。
（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的。
（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的。
（3）直接转让土地使用权的。
上述几项规定的实质是指房地产开发项目已经结束，就应当进行土地增值税的清算。对于应当进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内填报《土地增值税纳税申报表》，提出清算申请，主动到主管税务机关办理清算手续。应当进行土地增值税清算的房地产开发项目，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定对纳税人进行处理。
2.纳税人的房地产开发项目符合以下条件之一的，主管税务机关可以要求纳税人进行土地增值税清算。
（1）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的，主管税务机关可以要求纳税人对该项目已售部分进行土地增值税清算，未售部分在销售时再进行纳税申报。(www.xing528.com)
（2）纳税人取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的，主管税务机关可以要求纳税人对已售部分进行清算，未售部分在销售时再进行纳税申报。
该项规定是限制捂盘惜售、逃避清算的纳税人的，只要开发项目取得销售许可证或者预售许可证满三年的，税务机关有权要求纳税人对项目进行土地增值税的清算。
（3）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的，主管税务机关可以要求纳税人对所有开发项目在办理注销登记前进行土地增值税清算，同时对纳税人所涉及的其他税种也都要清算。
（4）省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。例如，《北京市房地产开发企业土地增值税清算管理办法》（京地税地[2008]92号）文件规定：“经主管地方税务机关进行纳税评估发现问题后，认为需要办理土地增值税清算的房地产开发项目，”税务机关可以要求纳税人进行土地增值税的清算。
对符合税务机关可要求纳税人进行清算的土地增值税清算项目，主管税务机关应当作出评估，并经分管领导批准，确定要求纳税人进行清算的时间。对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。对确定暂不进行清算的，应继续做好项目管理工作，每年作出评估，及时确定清算时间并通知纳税人办理清算。
土地增值税是房地产宏观调控的重要措施，做好土地增值税征管和清算工作是贯彻依法治税要求的重要体现。近年来不少地区采取措施加强土地增值税征管工作，取得了一定成效，但从总体看，土地增值税征收管理工作仍需进一步规范，房地产开发企业欠缴土地增值税的现象比较普遍，为进一步加强土地增值税征收管理，2013年6月20日国家税务总局下发的《关于进一步做好土地增值税征管工作的通知》（税总发[2013]67号）要求，要对近几年积压未清算的项目进行全面清理，制定工作计划，督促企业限期自行清算，对拒不清算的要严肃处理。
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