第一，经亨颐认识到教育保持纯正独立的必要性。他认为，“纯正教育”好比“清水”，“共和之流弊”好比“糖”，“君主之流弊”好比“盐”，通过充分发挥教育的作用，尊重教育发展的规律，以“教育之水”来融化“社会之流弊”，即“多量之清水能融化糖与盐”，因而他赞同教育经费独立、教育行政独立的主张。与此同时，他也清晰地认识到，除了形式上的独立，教育在精神上的自由才是“教育独立之真体”。“教育不过为国家社会之方便，执行防止之职务，己近政治性质，绝非纯正之教育。……教育为国家社会之先导，不随国家社会为浮沉也。故国家社会之趋势，不过供教育之参考，绝非绝对之标的。”“即使政府而有摧残教育之事乎，亦不过摧残形式上之教育，而精神上之教育，无与焉。”正是由于秉承了这样的教育精神，经亨颐在浙江“一师”期间坚持保护学生运动，甚至不惜与当局发生冲突而被迫离职。
第二，经亨颐认为理想中的教育应该是教育家统治的事业。他认为，一所学校想要在行政上完全脱离政治束缚是非常难的，特别是那些在经费和行政上依赖于政府的公立学校，形式上主要由政府控制，但是教育精神上需要保持相对自由独立。针对这一问题，经亨颐希望通过教育家办学来予以解决，指出“教育者对于社会一般不可无牺牲之性质，能适应世俗的好恶，方为教育者特异之人格”“教育，立于社会基础上之事业，教育者相当于柱石之材，彼突我凹，与世无争”。因而他提出，要“以教育为哲人统治之事业，则教育行政机关，必独立而始能受哲人之统治为统治”。(www.xing528.com)
第三，经亨颐强调要保持学术知识、思想自由。当时教育被政治绑架，“这样一来，教育遂因政治界的风潮而时有变迁，教育的精神，学术的尊严，全被破坏；甚而至于对于学校毫不负责，除了几个简单的某主义的名称和口号强学生记忆外，学生的学业、品行都不重要。这种外来的侵袭实在是教育的致命伤”。因而他提出教育精神独立，但是这种独立并不意味着将教育与社会完全隔离开来，而是应该尊重教育的主体性，将“教育交给教育”，让“教育成为教育”。在浙江“一师”办学期间，经亨颐非常注重校内学术与思想文化传播的自由，引入《新青年》《每周评论》《解放与改造》等进步刊物，组织在校学生创办介绍社会主义的刊物《浙江新潮》，因之浙江“一师”的教师和学生“渐渐脱离旧思想、旧学术、旧风俗、旧习惯、旧制度的种种束缚，觉悟着时代的趋势，人生的真义”。
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