在任教皇序数遵循欧洲君主排列惯例。拥有唯一名字的教皇不能用序数来标识。对立教皇被视为伪教皇，其序数为正统教会重复使用。然而，教皇数目记录经常有误。人们对教皇记录常出现理解偏差，导致中世纪的教皇数目有所增加。有几位对立教皇也被排在了序列中，要么是因记录有误，要么是因这些教皇在之前曾被认为是正统教皇。
1.亚历山大。对立教皇亚历山大五世在《宗座年鉴》中在20世纪前都被列为正统教皇，而比萨教皇则被列为对立教皇。到20世纪，已经出现了三个对立教皇，因此现在的教皇序数会有偏差。
2.多努斯。多努斯一名仅被一位教皇使用过。多努斯二世一名存有争议，主要因“多努斯”一名与拉丁语词汇“dominus”—上帝—易产生混淆。
3.费利克斯。对立教皇费利克斯二世被留在教皇序数列表中。
4.约翰。对“约翰”一名的排序非常混乱。在现代教皇序数中，“约翰”教皇根据该教皇在任期时使用的序数来识别。
5.到了16世纪，教皇序数因一位传说中的女教皇琼而出现了混乱。有些作者将琼称为约翰八世。教皇琼从未被列入《宗座年鉴》中。(www.xing528.com)
6.20世纪前，对立教皇约翰二十三世在《宗座年鉴》中被列为正统教皇。当约翰二十三世开始再次使用”约翰二十三世”这个名字时，援引“毫无疑问，已经存在二十二个约翰”来证明自己可以使用“约翰二十三世”这个名字。
7.教皇马丁一世之后是马丁四世，由于拉丁名“Marinus”和“Martinus”之间的相似性，马里纳斯一世和马里纳斯二世被误作马丁二世和马丁三世。
8.当选教皇斯蒂芬于封圣前去世。他曾被称为斯蒂芬二世，但梵蒂冈在1961年将他从官方教皇名单中删除。其余“斯蒂芬”现在被排序为教皇斯蒂芬二世和教皇斯蒂芬九世。
持有宗座缺出论的人称，自庇护十二世或约翰二十三世以来，不存在合法教皇，这主要是因为他们认为自第二次梵蒂冈宗教会议以来的所有教皇都是异教徒。
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