为加强跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理，《财政部、国家税务总局、中国人民银行联合发布了关于印发<跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法>的通知》（财预〔2008〕10号），国家税务总局又发布了与之配套的《关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法>的通知》（国税发〔2008〕28号），对跨地区经营汇总纳税企业所得税管理问题进行了明确规定。
1.业务操作原则
有关文件明确规定居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格的营业机构和场所（以下称分支机构）的，该居民企业为汇总纳税企业（以下称企业），除另有规定外，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
所谓统一计算，是指企业总机构统一计算，包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额和应纳税额。
所谓分级管理，是指总机构和分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
所谓就地预缴，是指总机构和分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
所谓汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构和分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。
所谓财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方金库。
2.无须就地预缴企业所得税的情况
考虑到企业投资活动的复杂性，国税发〔2008〕28号文件规定了汇总纳税的申报方法和原则，以下八种分支机构无须就地预缴企业所得税。
（1）未纳入中央和地方分享范围的企业的分支机构无须就地预缴企业所得税。缴纳所得税未纳入中央和地方分享范围的企业包括铁路运输企业（包括广铁集团和大秦铁路公司）、国有邮政企业、中国工商银行股份有限公司、中国农业银行、中国银行股份有限公司、国家开发银行、中国农业发展银行、中国进出口银行、中央汇金投资有限责任公司、中国建设银行股份有限公司、中国建银投资有限责任公司、中国石油天然气股份有限公司、中国石油化工股份有限公司以及海洋石油天然气企业（包括中国港澳台和外商投资、外国海上石油天然气企业）等。
（2）三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税。现有公司是实行一级法人。公司设立的分支机构中，二级分支机构多数是以分公司或办事处形式出现，三级分支机构则是百分之百的办事处形式。具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税；对总机构的二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
（3）总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
（4）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
（5）上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
（6）新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。根据国税发〔2008〕28号文规定，各分支机构应分摊所得税款的比例是按照以前年度（1～6月份按上上年度，7～12月份按上年度）分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算。因为新设立的分支机构没有以前年度的有关信息，相应就无法计算新设立的分支机构应分摊所得税款的比例，所以，新设立的分立企业，在设立的当年不就地预缴企业所得税，在次年方依法就地预缴企业所得税。(www.xing528.com)
（7）撤销的分支机构在撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。也就是说，撤销的分支机构在撤销当年的剩余期限内未预缴的企业所得税，不再就地预缴企业所得税，由总机构将分支机构的清算所得并入总机构应税所得，依法计算缴纳企业所得税，并且全部缴入中央国库。
（8）企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。即对在中国境内设立的具有法人资格的居民企业，其在境外设立的非法人营业机构取得的所得，不实行预缴企业所得税。
3.税款预缴和汇算清缴
企业应根据当期实际利润额，按国税发〔2008〕28号文件所规定的办法、规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构分月或者分季就地预缴。如果在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4由总机构和分支机构就地预缴企业所得税。预缴方式一经确定，当年度不得变更。有关分摊办法和计算办法如下：
（1）总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴的部分，其中25%就地入库，25%预缴入中央国库，按照财预〔2008〕10号文件的有关规定进行分配。
（2）按照当期实际利润额预缴的税款分摊方法。
1）分支机构应分摊的预缴数。总机构根据统一计算的企业当期实际应纳所得税额，在每月或季度终了后10日内，按照各分支机构应分摊的比例，将本期企业全部应纳所得税额的50%在各分支机构之间进行分摊并通知到各分支机构；各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额向所在地主管税务机关申报预缴。
2）总机构应分摊的预缴数。总机构根据统一计算的企业当期应纳所得税额的25%，在每月或季度终了后15日内自行就地申报预缴。
3）总机构缴入中央国库分配税款的预缴数。总机构根据统一计算的企业当期应纳所得税额的25%，在每月或季度终了后15日内自行就地申报预缴。
（3）按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4预缴的税款分摊方法。
1）分支机构应分摊的预缴数。总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的1/12或1/4，在每月或季度终了之日起10日内，按照各分支机构应分摊的比例，将本期企业全部应纳所得税额的50%在各分支机构之间进行分摊并通知到各分支机构；各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额向所在地主管税务机关申报预缴。
2）总机构应分摊的预缴数。总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的1/12或1/4，将企业全部应纳所得税额的25%部分，在每月或季度终了后15日内自行向所在地主管税务机关申报预缴。
3）总机构缴入中央国库分配税款的预缴数。总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的1/12或1/4，将企业全部应纳所得税额的25%，在每月或季度终了后15日内，自行向所在地主管税务机关申报预缴。
（4）总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
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