事实上，当我们说《资本论》在政治经济学上引起了革命的时候，那并不是单从立场观点方面立论，同时也涉及了它的研究方法和依一定方法所安排的总体结构。哲学上的认识论和方法论是统一的。从形而上学的观点去看问题，和从辩证发展的观点去看问题，那就不但所看出来的问题的内容和性质不同，同时也说明它们分别在“看”的过程中，已在应用着和各自立场、观点相适合的方法。不过，在说明的便利上，是不能不分开来讲的。
我在前面已经提到了马克思主义的三个来源说问题；在政治经济学上，马克思论证了并一贯发展了亚当·斯密和大卫·李嘉图的劳动价值理论。可是，马克思接触到英国的经济理论，是在他批判吸收了德国古典哲学的合理核心以后，是他把黑格尔的辩证法依费尔巴哈的唯物主义来加以改造以后，因此，“作为马克思主义经济学说的思想来源的资产阶级政治经济学，对于马克思在研究新方法问题时的直接帮助是很少的。当马克思着手研究资产阶级经济学家的理论时，他不仅批判了黑格尔的辩证方法，而且还开始从唯物主义的立场改造这一方法。因此，资产阶级经济学家的形而上学方法论对于马克思是格格不入的”[56]。不仅如此，马克思对于资产阶级的政治经济学的批判，一开始就抓到了它的自然主义的形而上学的弱点，远在一八四七年，他就在《哲学之贫困》一书中，指责蒲鲁东跟在资产阶级经济学者后面，把资本主义的生产和生产关系永久化，他说：“经济学者把资产阶级的生产关系、分工、信用，货币等等看为固定的，不变的，永久的范畴。”[57]他在那里面批判经济学者们说：“经济学家有一种特征的研究方法。在他们看来，只有两种制度，人为的和自然的。封建制度是人为的、资产阶级的制度是自然的。……因为现存的关系——资产阶级的生产关系是自然的。……所以，这种关系本身，就是与时间的影响无关的自然的规律。”[58]一八五九年马克思在《政治经济学批判》序言中开始提出了有名的唯物史观公式，那在原则上，应当理解为是马克思主义政治经济学的方法论，或者政治经济学方法论的哲学基础。如像前面讲到的，他“从社会生活各部门中分划出经济部门；从各种社会关系中分划出生产关系，作为一切社会关系的始初关系”，作为政治经济学的研究对象，所有存在于特定社会的各种经济范畴都被视为是那个社会生产关系的个别方面的反映或抽象。当社会生产关系随着社会生产力的发展变化而改变了的时候，所有附着于这种关系而存在的一切经济范畴，都将随着发生变化。结局，没有一件永远不变的东西了。资产阶级社会生产关系连带它的一切“心爱的”附着物利润、利息、地租等等，都处在待变或正在变化的状态中。这个提法，一开始就叫自然主义的形而上学没有站脚的余地。那很显然不单是观点问题，同时还是方法论问题。所以恩格斯在《论卡尔·马克思〈政治经济学批判〉一书》中说：“作为马克思政治经济学批判基础的方法的确定，在我们看来其意义的重大不亚于唯物主义的基础观点。”[59]
研究分析一个社会形态，把它看为永久不变时所用的方法和把它看为是一直处在变动状态中，并且正在创造条件为其他社会形态所代替时所用的方法，显然绝不一样；对于各种经济范畴和原则的叙述，应把它们安排在怎样的顺序中呢？依照前者，当然最好是分别把它们位置在一看就是出于自然的天定的无可更易的那种体系中；资产阶级的经济学者就是这样做的，不过他们因所处的历史阶段不同，做法也并不完全一样。大约处在资本主义前进阶段的古典学者，如像亚当·斯密、大卫·李嘉图，由于他们为了向封建的残余势力或制度，或者重商主义措施，争取资本主义商品经济所需要的自由竞争，同时威胁着资本主义生存的无产阶级的力量又还未十分发展显露出来，因此，他们就比较能够无所顾忌地从资本主义生产关系内部去发现它的各种经济范畴的相互联系；由亚当·斯密比较系统地说明了的劳动价值理论，和大卫·李嘉图在劳动价值理论基础上展开的关于利润、工资、地租诸形态的相互对立的分配学说，都不容许他们把他们用以说明的系统，完全放在形而上学的固定框格里。所以，亚当·斯密的大著《国富论》的论述次第，虽然叫我们看来，不很合经济学的体裁；李嘉图的大著《经济学及赋税之原理》更像是一些独立论文的杂凑，可是，比起以后庸俗经济学者们用生产、分配、交换、消费四分法和资本——利润、劳动——工资、土地——地租三位一体公式和所构成的完全形式主义的系统，却是更便于说明一些真理的。自然，亚当·斯密和李嘉图把资本主义制度说成是出于人类天性，合乎人类天性，并把他们研究出发点的个人，臆造成像鲁滨逊那样的单独的独立的猎人和渔人，都受到了马克思的严厉批评，可是在他们所处的时代，还没有必要使他们在经济学方法论上虚构一些掩蔽阶级矛盾的系统，而这是愈到后来才愈做得到家的。
马克思在一八五七年写成但未曾即时发表的《政治经济学批判》导论中，曾批评了一般资产阶级经济学者传统袭用的经济学体裁并还专节讨论了经济学的方法。很显然，在这一方面，即在展开对于资产阶级经济学的批判当中，建立起他自己的以唯物主义辩证法为基础的正确方法和系统的。与资产阶级经济学者把资本主义社会看作不再变了的自然秩序恰好相反，马克思在四十年代就认识到了资本主义社会和它所由转变过来的封建社会一样，正在辩证地创造否定它自己的条件。问题乃在于用什么方式方法才能把这个过程，把资本主义经济发生发展以至灭亡的规律揭露出来。这正是马克思在《资本论》中所应用的方法原理。但因为这和形而上学的观点方法相抵触，所以，马克思自己也说，《资本论》的方法，不常为人理解。[60]可是毕竟有理解得连他自己也认为很好，把他的方法的辩证唯物论的基础作了适切说明的：
“在马克思，只有一件事是重要的，那就是发现他从事研究的现象的法则。他认为重要的，不仅是在各种现象具有一个完成形态，并保持一种可以在一定期间看到的联系的限度内支配着这各种现象的法则。对于他，更重要的，是现象之变化的法则，发展的法则由一形态到他一形态，由一种联系的次序，到另一种联系的次序的推移的法则。这种法则一经由他发现，他就要详细研究这个法则在社会生活上表现出来的各种结果。……所以，马克思只关心一件事：那就是由严密的科学研究，证明社会关系上一定秩序的必然性，并对于当作出发点和根据点的各种事实，尽可能予以完全的确认。为达到这个目的，他只要证明现在的秩序有其必然性，同时又证明别一种秩序也有其必然性；不管人是否相信，不管人是否意识到，现存的秩序，总是必须推移到这个别一种秩序去的。马克思把社会的运动，看为是一个自然史的过程；支配它的法则，不仅和人的意志，意识和意图是独立的，却宁说是决定人的意志，意识和意图的。……意识要素在文化史上的位置既然如此低，那就不说自明，以文化为对象的批判，不能以意识的任何一个形态或结果来做基础。这就是说，能作为这种批判的出发点的，不是观念，只是外部的现象。批判的范围，不限于拿事实和观念来比较对照，却是拿一个事实和别的事实来比较对照。在这种批判上，唯一重要的，是两种事实必须尽可能同受正确的研究；是这两种事实，必须现实地，在互相对待的意义上，成为不同的发展要素。但最重要的，是要同样正确地研究各种秩序的序列，各个发展阶段依以出现的次序与联结。有人说，经济生活的一般法则是永远同一的；适用于现在，适用于过去，都是一样的。但这正是马克思否定的。依他说，抽象的法则是不存在的。……依照他的意见，正好相反，每一个历史时期，都有它自己的法则。……生命通过一定的发展时期，由一阶段向他一阶段推移时，它就开始要由别一些法则去支配。总之，经济生活表现了一种现象，与生物学其他领域内的发展史颇相类似。……旧经济学家以经济法则比于物理学法则或化学法则时，是把经济法则的性质误解了。……更深刻地把现象分析一下，就知道诸种社会有机体，是和诸种动植物有机体一样，彼此有根本的区别。……并且，同一个现象，也因各种有机体的全部构造不相同，因它们的个别器官有差别，因这各种器官是在不同的条件下发生作用等等原故，须受支配于完全不同的法则。例如，马克思就否认人口法则是任何时任何地都相同的。反过来，他是主张，各发展阶段有各自的人口法则。……生产力的发展不同，社会关系与支配社会关系的法则也不同。马克思把这个目标放在面前，从这个见地去研究它并且说明资本主义的经济制度时，他不过要严密科学地，把经济生活每一种正确研究所必须有的这个目标，树立起来。……这样一种研究的科学价值，是在于说明，一定社会有机体的发生，生存，发展，死灭，以及它由别一个更高级的社会有机体来代替的事实，是受着怎样一些特殊的法则支配。马克思这部书实际上有这种价值。”[61]
对于这样一篇专门讨论《资本论》方法的文字，马克思非常满意地表示：“这位作者如此正确地描写了我的现实的研究方法，而在考察这个方法在我手上的应用时，又如此好意地描写了它，它所描写的，不是辩证法又还是什么呢？”[62]这和资产阶级学者们所应用的那一套，该是如何本质地不同啊！
由杰姆斯·穆勒通俗化李嘉图学说而开始应用的所谓四分主义（由生产到分配，再到交换消费）在形式上像是非常整齐，但它的体系是支离的，说明的程序是混乱的。一个社会的总生产物，以如何的方式，如何的比例，分配在各成员之间；他们以如何的方式行使交换，以及消费的一般条件及在全生产物中所占比重如何，均是取决于当前的生产形态；把生产和其他三项经济行为平列出来，那不独不成体统，且没有显出重心。而且，现实的经济活动，并不是显分畛域的生产了再分配，接着再交换，最后始归于消费；一把生产过程看作是再生产过程，它的生产资料，就是交换分配过来的结果，同时，生产还是一直由消费支持着进行的，劳动手段的消费，劳动力的消费，乃至劳动者对于生活资料的消费，通是作为生产上的作用来说明的。四分法已够机械了，再在这个四平八稳的框格里，把所谓三位一体的公式：资本——利润，劳动——工资，土地——地租分别硬塞进去，如像许多资产阶级经济学者所做的那样，那就更加破碎支离百出了。这个由亚当·斯密讲价值来源，讲国民收入时提出的三列式，是属于斯密学说中最庸俗的一面，但往后的庸俗学者就恰好看中了这个，分别把它们安排在四分里面，在生产项下，配上资本、土地、劳动三因素；在分配项下，配上利润、地租、工资三因素；在交换项下，配上这些所得的交互流通，而最后在消费项下由那些所得者各各享受他们生产分配交换来的果实。这同四时运会成岁，一样自然，一样出于各修各得。可是，只要我们稍微点破一下，就知道其中包含有不少不可告人的隐事。把三列式这样配称起来，无非要表示有资本即要求利润，有土地即要求地租，那和有劳动即要求工资，是一样的合理！把资本权、地权与劳动权同等看待，不是极平等、极公平了么？但土地、资本和劳动，究竟把什么作为它们的共同点呢？土地是自然物，资本就它的价值关系来说也好，就它的物质或使用价值的关系来说也好，通是以物为媒介的人与人的社会关系，而劳动，则是一个看作生产活动的社会机能，在其本身，且是一个抽象。这三者的性质，确实看不出有什么共同点，也许说，这个列式上三组的后三项：地租、利润和工资都是作为社会各阶级——地主阶级、资本家阶级、工人阶级的所得或收入，因而就使前三项取得了都是所得的来源这一个同点。但问题就在这里发生了：为什么有的收入如劳动者的收入，要靠劳动者自身的生产活动才能得到；有的收入，如资本家的收入，不用自己操劳，或只行使监督职权就能得到，最后，有的收入，如地主的收入，他不但不用直接作生产活动，且无须操监督的烦劳，只要法律确定地球的一片段为他所私有，他就大可游乐在千百里外，而消费他人在那块土地上生产的果实。这三个不同性质的收入，理应不能“一视同仁”。而且不幸的是：这三个收入的来源，虽然被经济学者分划得非常清楚，但溯其本源，却又不外是出自一定劳动，推动一定资本，在一定土地上所生产的价值生产物。这价值生产物，先分割为工资与剩余价值，剩余价值再分割为利润与地租。由一个阶级生产包括剩余价值在内的全部价值，由其他阶级分有全部剩余价值的剥削与被剥削的关系，就被这三位一体的公式，给掩盖住了。所以马克思认为“三位一体的公式，把社会生产过程的一切秘密都包括在内”，而且如果像后来许多庸俗经济学者所做的那样，把资本——利润那一组偷换成资本——利息的话，“资本主义生产方式所特有的特征的剩余价值形态，就幸运地被排除了”[63]。
当资产阶级学者用这样的公式和手法，企图把剥削的实质掩盖着的时候，马克思为了揭露出资产阶级社会所特有的剥削形式，即剩余价值形态，当然有必要先把那个编排得均整好看的西洋景——四分法，三位一体公式——彻底拆穿，并且，就从这个在资产阶级看来，正是他们社会的“美点”同时又是他们社会的“创伤”或痛处下手，来展开他的研究。他发现，资产阶级社会和其他剥削社会的本质区别，就在它的剥削，不是采取自然劳动形态，不是采取实物形态，而是采取非常掩蔽的通过劳动力买卖和使用来实现的剩余价值形态。因此，这个社会的生产，就和其他社会的生产的目的不同，它所注意的，不是自然物形态的使用价值，而是剩余价值；剩余价值是要通过流通过程来实现的，通过市场关系来实现的。而分配的特点，从社会的观点来讲，则是把资产阶级榨取劳动阶级的全部剩余价值，在他们内部依照马克思所谑称的“资本主义的共产主义”方式，凭着这个社会所赋予他们每个人的平等自由竞争权，用一切可能采取的提高生产效率降低成本的手段，来压伏其竞争者，来拼取最大可能的份额。这就是资产阶级社会的经济活动的最本质的内容。这样的经济内容，是不能依生产一般的原则，依单纯的流通过程，依最表象的分配条件来说明的。马克思在《政治经济学批判》序言中，就表示：“我照着这个次序来研究资本主义制度：资本、土地所有权、雇佣劳动；国家、对外贸易、世界市场。”[64]他从资本着手，就是要从这里去抓住资本主义经济的本质，在《资本论》中他用资本的生产过程，资本的流通过程，资本主义生产的总过程这个崭新的体系，来展开他对于资本主义经济的分析，大体上虽然像是分别依次阐明了剩余价值的生产、剩余价值的实现、剩余价值的分配过程，但他和资产阶级经济学者所采用三分法（生产、交换、分配）四分法没有一点相同，这就因为不但是所研究分析的内容或重点完全两样，而由不同内容或重点所要求阐述的逻辑程序或技术安排也是大有区别的。马克思曾分别在《政治经济学批判》导论和前述《资本论》第一卷第二版跋有关地方，相当详细地论到了他的方法，并给予我们这样一些方法论的启示：(www.xing528.com)
首先，属于研究程序安排的技术性的方法，必须遵守或服从这个最高原则，就是不论自然现象社会现象，都是辩证发展着的，因而，我们在研究上对于这任何一方面的各种原理范畴的本末先后次序的安排，都必须最便于或至少是不妨碍那种辩证发展关系的揭露。因为就社会现象来说罢，这样一种研究的科学价值，就是在于说明，一定社会的有机体的发生、生存、发展、灭亡以及它由别一个更高级的有机体来代替的事实，是受着怎样一些特殊规律的支配。
其次，自然现象和社会现象，毕竟有它的非常不同的特点。虽然它们都需要或便于在“表现在最精确的形态且不受干扰影响的地方去考察，如可能，还在各种条件保证过程正常进行的地方做实验”[65]去做调查研究工作。马克思就是这样把英国这个资本主义发展较充分的处所来进行他的研究，但他教导我们，毕竟“在经济形态分析上，既不能用显微镜，也不能用化学反应药，那必须用抽象力来代替二者”[66]。
又其次，和自然现象比较起来，社会现象、社会经济形态是有较大的变化的。社会形态“由一阶段向他一阶段推移时，它就开始要由别一些法则去支配”[67]。同时，同一经济范畴在不同社会经济形态中的地位和作用，也不一样。因而如有些资产阶级经济学者所说的那样，经济生活的一般法则永远是同一的，适用于过去，也适用于现在，那是马克思所否认的；“把各种经济范畴顺着它们在历史上起决定作用的前后次序来处理，是不行的，错误的”[68]，是违反辩证原则的。比如，地租这个范畴，因而租佃这种生产关系，在封建社会，是处在有决定性的地位，有必要把它用来作为说明其他经济活动的出发点或基础，但到了资本主义社会，情形就不是这样：利润这个范畴，因而雇佣这种社会生产关系，是处在决定性的地位，这就有必要把它用来作为说明其他经济活动的出发点或基础。以前一社会形态来说，不弄清楚地租就不能理解商业资本利润、高利贷资本利息等经济范畴；以后一社会形态来说，不弄清楚产业资本利润，就不能理解地租乃至商业资本利润。各种经济现象间存在的必然联系和次第，把它倒置过来，就无法说明它的辩证发展着的关系，那是违反方法原理的。
最后，马克思教导我们，就是我们把一个社会的最有关键性的经济范畴抓住了，如像我们在资本主义社会形态中抓住了它那个占取剩余价值或利润的资本范畴，我们也不能径直由它着手，因为资本是一个高度发展过了的，有了极复杂联系和无数具体规定的概念，不把它所由发展过来的，并且大体已经确定了的抽象了的一般关系开始，自简单到复杂，而抽象到具体，那就会陷在不可究诘的浑沌表象中而无以自拔。十七世纪许多经济学家不了解研究经济应从什么地方下手，因而把社会中最生动具体的人口拿来分析，结局就恰好引起了那样的结果。马克思曾明确地提出他们所犯的反科学的错误。他说：“从实在的具体的东西着手，从现实的前提着手，因而，在经济学上，从成为整个社会生产行为之基础与主体的人口着手，似乎是正确的，但是仔细研究起来，那是错误的。如果我们抛开人口所由以构成的譬如阶级，人口是一个抽象。如果我们不依据阶级所依据的因素，如雇佣劳动、资本之类，阶级又是一句空话。而这些因素，又以交换、分工、价格等等为前提。譬如说资本，如果没有雇佣劳动，没有价值、货币、价格等等，它就什么也不是。”[69]怎么办呢？如果把颠倒了的程序正过来，最后再回到人口，那时候，人口就不是浑沌一团，“而是一个丰富的、由许多规定形成的总体了”[70]。我们从这段话里，不仅明白了，在经济学研究上，从具体上升到抽象的深刻意义是什么，并还知道分析资本应当从哪里下手的途径。马克思在《资本论》中就是按照他这里指示我们的途径进行研究的。
由上面马克思分别提示给我们的种种方法，显然都是把唯物主义辩证法作为最高的指导原则，应用这些方法的要求，无非是讲求如何才能把现实的辩证发展关系表达出来。恩格斯很扼要地为我们作了这样一个像是总结了上述各论点的指示，那是针对着《政治经济学批判》说的，当然也适用于看作《批判》底续篇的《资本论》。他说：“对于政治经济学的批判，即令按照已经获得的方法，也可以用两种方式进行：依照历史或者依照逻辑。既然在历史本身方面，也如历史在文献上的反映方面一样，发展进程整个说来是从最简单关系向着较复杂关系的推移，那么，政治经济学文献的历史发展进程就提供了进行批判所能遵循的自然基本线索，并且经济学的种种范畴，整个说来同时也会按照像逻辑发展进程中那样顺序地出现。”[71]不过，完全按照历史进程，也有行不通的地方，因为“历史的行程往往有飞跃和迂回曲折的，如果一定要跟着它走，那就势必不仅要注意许多不大重要材料的，并且常要打断思路……因此，逻辑的研究方式乃是唯一的适当的方式，但是这一方式本质上也还是历史的方式，只是摆脱了它的历史形式和对它起着破坏作用的偶然现象而已。历史从什么地方开始，思路也应当从什么地方开始，并且它的进一步的运动也不外是历史过程在抽象的理论上一贯的形式上的反映；它是被修正了的反映，但是这是依据实际历史过程本身所提供的法则来修正的，并且这时对于每一个因素可以在它的发展过程达到完全成熟和典型形式的那一点上加以考察”[72]。
恩格斯这段话，我们几乎可以从《资本论》中讨论到每一个经济范畴（不管是商品也好，资本也好……）所采用的方式方法，而得到印证。他都是在尽可能地叙述到它们的历史发展进程的限内，就它们发展到了成熟的典型的那种程度而加以考察。但要做到这点，就如马克思在《资本论》第二版跋中所提到的，需要采取的研究和说明的两种方式：“说明的方式在形式上当然要与研究的方式相区别。研究必须搜集丰富的材料，分析它的不同发展形态，并探索出这各种形态的内部联系。不先完成这种工作，便不能对现实的运动，有适当的说明。不过，这层一经做到，材料的生命一经观念地反映出来，看起来我们就好像先验地处理一个结构了。”[73]
《资本论》底体大思精的严密完整结构，就是在唯物主义辩证法基础上依着种种有效的方式方法把搜集所得的有关资本主义经济制度的丰富的思想材料和历史材料加以缜密研究处理的结果。
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