尽管得到了政策支持，但校园书店仍然存在很多问题，主要表现在以下方面。
（一）经营成本过高，服务模式单一
校园书店往往经营成本比较高，尤其是一些品牌书店和主题书店，其场地租赁费、装修费、人工费是很大的支出。校园书店服务模式单一，很难在喜欢新事物的学生群体中形成影响力，通过服务吸引学生消费比较困难，同时其服务时间也有较多限制，比如大部分校园书店在晚上八点之后就会歇业，这也是影响校园书店销量的一大原因。[1]
（二）书店活动匮乏，人文内涵较弱
校园书店不仅服务模式相对单一，而且策划的文化活动数量较少、形式单一。造成这种情况有两方面原因：一是校园书店缺乏具有活动创新能力的人才；二是校园书店缺少举办高品质活动的资金。活动效果不理想，活动收益难以覆盖成本支出，久而久之就造成校园书店活动匮乏、经营艰难的局面。需要注意的是，一些主题书店的活动收益会相对高一些，但收益主要依靠收取客座费或者是餐饮销售，随着时间的推移，书店的人文内涵不断被削弱，书店的客流量也越来越小。(www.xing528.com)
（三）受众定位不清，宣传途径单一
校园书店很少考虑受众定位，不少从业人员认为这类书店就是针对高校学生的，因此不需要明确受众定位和细分受众群体，这种思维方式是造成校园书店经营不善的一大原因。从市场的角度来看，校园书店相当于商店，图书就是商品，因此经营者要考虑书店的市场竞争力。很多校园书店不愿意做市场调查，对市场了解不够全面深入，宣传途径单一，宣传内容缺乏特色，学生很难对书店文化形成认同感，也很难对书店产生归属感。
（四）固守传统经营，重线下轻线上
一所高校会有多种不同形式的校园书店，因此会造成书店竞争的局面，客源也会分流。与此同时，网络书店下单便捷、物流迅速、学习资料全面，对学生而言，如果不是急需的书籍，他们还是倾向于在网上购买，因此校园书店面临的竞争压力越来越大，客源流失严重。总体来看，校园书店固守传统经营模式，依靠学生主动上门购买已经不能保证正常的运营和发展，重线下轻线上已成为实体书店的通病，变革创新势在必行。
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