公共健康维护的是社会整体健康利益，无可避免对私人权利进行干涉。在公共健康领域，“如果存在显见的危机或根据可靠的科学依据推测出某些行为将会对公共健康造成某种危害，那么为了公共健康而干预公民自由不仅是合理的而且是必须的”[29]。政府为了公共利益限制个人权利的理论基础如下：
1.利益位阶理论
权利冲突，又叫权利的相互性，法律对于一种权利的确认，则意味着对其他人行为自由的某种禁止。[30]同样，利益冲突也是现代社会普遍存在的社会现象。庞德在对人类各种需要和利益进行详细的分类之后注意到，利益之间存在重叠或冲突，因此，在制定、解释和适用法律时就会产生一些根本问题，即“对这些利益如何估量，对它们如何评价？用什么原则来决定它们相互之间的分量？在发生冲突的情况下，哪些利益应让位”[31]？
当个人权利与社会公共利益冲突时，个人权利应受公共利益限制。[32]如我国法律规定了相关的强制医疗制度，《传染病防治法》第12条、第39条等规定了对特定传染病的强制医疗，《刑法》第18条、《人民警察法》第14条规定了对严重危害公共安全或者他人人身安全的精神病人的强制医疗，《精神卫生法》第30条规定了特定情况下的强制治疗。
2.国家危机管理责任
美国学者罗森豪尔特认为，危机是指“对一个社会系统的基本价值和行为准则架构产生严重威胁，并且在时间压力和不确定性极高的情况下必须对其作出关键决策的事件”。国家针对公共健康受到威胁时拥有危机管理责任，据此，对侵害他人生命、身体健康的国家行为可不承担赔偿责任。[33]为了最大限度地限制和避免公共紧急状态给民众的生命和财产、政府正常的管理活动和社会的基本秩序所造成的危害，世界各国都采取了相应的措施和对策来处理与紧急状态有关的危机事件，采取的措施主要包括立法、完善机制、机构建设等几个方面。[34]而在旧有体制下成长的传统危机管理模式的中国，面对公共健康引发的危机采取的强制措施，是及时、有效地处理危机事件责任之所在，这也不可避免地以限制个人权利为代价。
3.不伤害法理(www.xing528.com)
根据密尔的经典自由理论，“人人都有自主行事的自由，只要其行为不对他人的自由造成限制”。基于这个理念，当个人行为对社会造成危害（即影响了别人享受自由的权利）时，政府应该插手监管；当个人行为的后果仅仅作用于自身时，政府应该保持缄默放任。而就公共健康领域来说，这个原则具体表现为，政府有权力干预可能给公共健康造成危险、损害的个人行为，比如罹患肺结核的病人应该被隔离治疗，入境旅客要接受强制的体温检查，禽流感疫区的家禽必须予以扑杀，艾滋病病人有义务将病情告诉其性伴侣等。
4.紧急状态下的人权克减理论[35]
紧急状态是危及一个国家正常的宪法和法律秩序、对人民的生命和财产安全构成严重威胁的、正在发生的或者是迫在眉睫的危险事态。[36]有权机关基于必要而决定实施的一种暂时的、例外的非常社会秩序。关于紧急状态，在有关国际人权的公约中也有所规定，这些规定主要是从保护基本人权的角度出发的。美洲人权盟约（IACHR）将公共危险列入其中，“突然发生，造成或者可能造成社会公共健康严重损害的重大传染病疫情、群体性不明原因疾病、重大食物和职业中毒以及其他严重影响公共健康的公共卫生事件”[37]也是紧急状态之一，《公民权利和政治权利国际公约》第4条规定：在社会紧急状态威胁到国家的生命并经正式宣布时，本公约缔约国得采取措施克减其在本公约下所承担的义务。
5.紧急状态下的免除同意理论
紧急状态中的“紧急”有三重涵义，其一，患者生命、身体、健康有危急迫切的重大危险；其二，公共健康因为患者而遭受高风险；其三，须“稍有迟延，危险必至”。[38]如感染传染病者符合紧急医疗的特点，应允许对患者进行强制治疗，不必征得患者知情同意，而直接限制自己决定权。等患者病情稳定时，被视为默示的同意。这符合“患者最大利益”的原则，将对患者的强制医疗视为默示的同意，是为了患者的利益。公共健康法规定的一部分强制权力的行使也是遵循此免除同意理论。
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