1.立法部门与行政部门的关系
首先，在司法实践中，为了满足紧急情况的需要或者为了解决具体问题，有立法权的机关往往把自己立法权限内的立法授予同级或下级相关机关或组织制定。[43]在公共健康领域，立法部门与行政部门的关系中，立法部门对于行政部门进行立法授权较为常见。这种立法部门与行政部门之间的授权立法模式有其合理性，一般来说，立法总是跟不上时代的变化，我国全国人大及其常委会制定法律（狭义的法律），立法层级比较高，程序较为严格。有些事项实践经验不足需要授权立法[44]作为“过渡”。再加上我国幅员辽阔，各地情况各异，立法以普遍性为特征也要照顾特殊性，且有些法律规定得较为原则化，对于一些具体事务需要行政部门通过法律手段或政策来细化，如环境保护政策、垃圾处理等。我国行政机关授权立法较多，如《药品管理法》第9条规定“《药品生产质量管理规范》的具体实施办法、实施步骤由国务院药品监督管理部门规定”。《精神卫生法》第51条规定：“心理治疗的技术规范由国务院卫生行政部门制定。”
作为控制公共组织日常活动的手段，立法或多或少有其局限性。但是，立法可以作为控制的重要手段。在项目运行之后，可以通过立法手段来防止行政部门采取某些行动，如法律规定行政应有履行的职能，禁止做的事情等。如《精神卫生法》第8条第1款规定“国务院卫生行政部门主管全国的精神卫生工作。县级以上地方人民政府卫生行政部门主管本行政区域的精神卫生工作”。
立法否决是立法机构用于控制公共机构的一项特殊手段，从本质上说，它是这样一种规定，即由行政机构根据特定法律条款授权的任何行为都必须由中央及地方各级人大批准或反对。主要是立法机构审议有关公共健康的政府工作报告、批准相关的预算，也通过所谓的监督职能实施对行政机构的持续监督。
2.行政部门与司法部门的关系
行政部门和司法部门的关系源自行政行为的合法性基础，其中，一些是准立法性的，一些是准司法性的。“准立法性的”是指面对大多立法有必要且故意笼统化，给行政人员留下巨大的解释和自由裁量空间，如法律要求某个行政机构为核电设置安全标准，然后通过立法制定实施的规则。判定某种行为是否正确，工厂是否符合标准，是否有资格从事某种活动，涉及公共健康的行政裁决也就是“准司法性的”。(www.xing528.com)
公共健康实践需要各种条件、机构和人员，许多社会组织和主要的非营利性志愿者组织的工作都可以看做是公共健康实践，其中需要政府的参与。司法机关可以判断政府行为是否违法、可以监督行政人员。行政机关通过执法和配套设施促进司法通过裁判解决问题。
3.立法部门与司法部门的关系
我国立法机关可以决定司法机关的人员配置，如《宪法》第62条规定了全国人大有权选举最高人民法院院长、选举最高人民检察院检察长，第101条也规定了地方人大选举本级法院院长、人民检察院检察长。立法部门制定的法律法规，司法机关是需要遵守执行的。另外，司法机关通过司法活动才使得立法机构制定的法律成为“活的法律”[45]，还可以基于公共健康领域的司法实践，提出有关公共健康的立法建议，还有司法机关所作的司法解释在实践中起到了立法机关应有的作用。
总之，行政机关虽然具体履行着公共健康领域的主要工作，但也要注重立法、司法之间互动、合作治理。如美国公共健康法律示范项目是立法、执法和司法各界合作的结晶。[46]应当建立以法律为基础，以行政机关负主要责任，通过立法与司法部门的协作，打破立法、行政和司法间的相对隔阂，围绕难点和重点开展工作，扩大参与面和工作深度，建设服务型政府，这对公共健康工作起到应有的促进作用。
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