立法、行政和司法部门之间分配政府权力决定了我国公共健康治理结构。通过权力分立，能提供一种减少政府强权出现可能性的制衡体制，避免公共健康权力的滥用。分权原则对于我国公共健康治理非常重要，立法、行政以及司法部门分别拥有独一无二的职权来制定、执行或解释卫生政策。三个部门通常相互协作，共同实现各项公共健康目标。然而，每个部门还有着自身的特性和职责，这些特性和职责对公共健康政策产生了影响。
立法部门通过制定公共健康领域的法律法规来分配必要的资源从而改善公共健康，当然，立法较为复杂，先需要掌握充足的立法资料、收集相关的信息，使得作出的决策更加符合公众利益和群体利益。
行政部门负责执行有关公共健康的法律法规，管理公共健康事务，并凭借其所拥有的专业知识和资源来解决这些公共健康问题。同时，行政部门在制定法规过程中作用独特，可以结合执法实践提出建议。(www.xing528.com)
司法部门对于公共健康的影响较为广泛、复杂，主要是通过解释法律来解决公共健康领域的法律纠纷。法院影响立法部门和行政部门的权力行使范围，从而对公共卫生政策有着很大的控制权。[42]司法部门很大程度上决定了立法部门制定的法律法规的实践效果，也监督行政部门在公共健康领域的行为是否违法，如法院可以判定行政人员是否有玩忽职守行为、行政人员是否收集了足够的证据来支持他们的执法行为、政府的行动是否获得法律的授权等。
司法部门需要尊重行政部门的权力，根据法律明文规定裁决。在我国立法机关也是我国的权力机关，全国人大及地方各级人大是中央到地方的各级权力机关，对于其制定的法律法规，司法部门无疑是会遵守的。但是司法部门拥有司法解释的权力，一方面立法部门制定的法律法规较为原则化，有的可操作性不强，另一方面司法解释是对司法实践经验的总结。
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