“文革”时期，新中国成立之初建立的较为稳定的并有所发展的卫生防疫机构遭受严重摧残，卫生防疫机构体系被当做是修正主义产物批判，很多卫生防疫站和专业防治机构被取消或被合并，公共卫生取得的成绩受到全面否定。[25]“文革”结束后各项工作走向正轨，拨乱反正、百业待兴。首要恢复的是“受影响的防疫站工作”[26]，1979年卫生部颁发了《全国卫生防疫工作条例》，对卫生防疫站的人员、机构设置和职责范围、队伍建设、工作方法等作了原则性规定。1982年建立中国预防医学中心，标志着从国家的预防医学中心到省、地、县及各部门的卫生防疫站，到乡镇卫生院和街道医院、村卫生室，以及各级各类专科预防站（所）组成的疾病预防控制体系的成立。
公共健康治理逐渐纳入法治化进程，相继制定了一些空白领域的法律规范，如1978年的《急性传染病管理条例》，1982年的《食品卫生法》，1989年的《传染性防治法》等系列法律、法规、制度的相继出台，使公共健康治理从行政管理逐步迈向法制化管理的轨道。
到了1997年，中央政府决定对现存的公共卫生体系进行改革。[27]公共卫生机构改组为三条垂直线，分别为卫生监督执法、疾病预防控制和妇幼保健。在具体机构设置上，疾病预防控制和妇幼保健职能被整合在一个机构内执行。虽然之后我国经历多次医改、大部制改革等，具体公共卫生机构设置变动较大，但都以此基本框架为基础。
我国早期的改革可以用一词来概括——分权，分权可归纳为向下分权和向外分权，具体言之，就是建立地方政府的分治制度和建立市场的激励机制。1994年中央—地方分税制改革进一步强化了地方自治权，在“放开”和“搞活”等目标的指引下，财政部门也实施了分灶吃饭的办法。最显著的卫生改革措施是把公共部门的财权下放到各级政府，将管理职能分摊给独立的核算单位。这种分权结果是，地方政府承担卫生投入的主要职责。中央财政对公共卫生事业投入不足5%，地方政府比例大幅下降，县乡比重为45%～50%，城乡以及地区间公共卫生筹资差距拉大。[28]各地区情况发展不一样，公共卫生服务资金也不一样。
但是地方政府更多关注的是地方经济的发展，而中央转移支付政策又未全面到位，导致地方公共卫生经费投入不足。[29]在此种模式下，中央政府与地方政府在公共健康治理中发挥着不同的作用。中央政府负责卫生政策的制定和研究、监督，以及疾病与危险的报告，地方政府负责提供服务，基本医疗是当地政府和个人的责任。这种财政上由地方政府保障、人事上多由地方政府任命、服务对象上多受制于地方政府，与贯彻上级政策指令之间形成根源上的不协调，也使得很多中央制定的政策得不到很好的贯彻执行。
另外，经济改革如火如荼地进行着，标志着中国从计划经济向社会主义市场经济的转轨，也对卫生领域影响深远，归纳如下：
1.医疗机构服务的市场化
卫生部门是劳动高度密集型的市场[30]，收入水平的变化、经济保障的减少、失去“铁饭碗”式的稳定等，迫使很多高技能的医技人员从乡镇卫生院向城镇医院转移。广大医务人员通过其他手段赚取其被广泛接受的、自认为应有的、水平适宜的收入待遇，如通过买药收受的巨额回扣、通过过度治疗增加的收入、通过收红包获得的灰色收入等。政府对医疗服务的投入不断减少，对医疗机构放权，使得医院成为“自主经营、自负盈亏”的独立经济实体。许多公立医院开始扩展那些有利可图的服务项目，客观上改善了医院服务效率。
2.我国卫生的筹资体系发生变化(www.xing528.com)
改革开放以前，在卫生总费用中，政府预算支出和社会支出（公费医疗加劳动保险）占80%以上，患者自付部分低于20%。在改革开放初期，社会支出部分开始缓缓下滑，但政府预算支出部分的比重仍在上升，一度升至接近40%。20世纪80年代中期是个明显的转折点，从此以后，政府预算支出和社会支出双双急剧下跌，到21世纪的头几年跌到谷底。2002年，前者所占比重降至15.21%，后者的比重降至26.45%，两者加总不过41.66%。政府预算支出和社会支出萎缩的后果是居民个人卫生支出的比重节节攀升，1980年，居民卫生支出占卫生总费用的比重不足23%；2000～2002年间，这个比重已高达60%。[31]与其他国家进行比较，卫生总费用中居民个人支出部分在发达国家平均是27%，在转型国家是30%，在最不发达国家是40.7%，在其余发展中国家是42.8%。换句话说，中国的卫生体系已经变成了一个主要由私人筹资的体系，公共支出只是填补空缺。这个转变从根本上将治疗疾病的责任由从前的政府或社会保险承担转向病人自己承担。
3.传统卫生保健制度的解体
随着农村里的村庄和城镇里的单位逐渐剥离社会职能，演变为纯粹的经济机构，村民和职工的生老病死、福利待遇便失去了保障，必须靠个人花钱购买。[32]家庭经济生产制度的引入更使得农村合作医疗制度濒临瓦解，一旦公社不存在，就没有一种有效的分配准则来支付赤脚医生的收入，在当时没有一种系统的政策方案解决这个问题。村卫生室的私有化和具有良好教育背景的城市青年的返程，使农村基层卫生人员流失严重。可以说，建立在集体经济上的卫生保健体系的瓦解和医疗卫生领域的市场化倾向使得农村公共卫生事业出现滞后与缺位。[33]
4.公共卫生服务的公共职能属性的弱化
从20世纪80年代起，公共卫生拨款占总卫生拨款的比例在下降，从1980年的12.4%降至1995年的10.6%，[34]公共卫生机构不再完全由政府拨款，30%的服务开始收费，公共卫生机构需要靠此弥补收支差距。卫生防疫站和妇幼保健站也需要靠此弥补收支差距，卫生防疫站和妇幼保健站不得不自己筹集一半以上的预算资金。[35]从1997年到2001年，政府对卫生防疫站的拨款进一步从46.7%缩减至40.3%。[36]这种公共卫生服务机构有偿服务、偏重于那些可以赚钱的服务使得服务公益性大大减少，公立医疗机构，甚至妇幼保健站和疾病预防机构都可拓展一些营利性项目，这导致公共利益与私人利益界限的模糊，同时也造成公立机构中私人利益可以假借公共利益之名得以实现。“公共职能弱化、服务零乱、成效性差，以及执法与创收之间的矛盾引起了广泛关注。”[37]
当时（2000年）世界卫生组织对成员国卫生筹资与分配公平性的评估排序中，中国列第188位，在191个成员国中倒数第四。在卫生总体系绩效排序中，中国仅列第144位，这种情况也反映了改革开放后，在新时期的背景下，我国卫生服务体系面临的问题。[38]另外，SRAS危机暴露了公共卫生体系的缺陷，急需进行系统改革，SARS是21世纪出现的第一个重要的新发传染病，在中国和国际上引起了前所未有的恐慌。[39]
防治SARS使中国改革开放后在市场化浪潮中建立的中国公共健康体系的缺陷暴露得十分彻底，但是，探寻这个时期中国公共健康治理产生的诸多问题，并不能简单地全部归罪于市场化，其中政府应该承担的一个重要责任，就是其放弃了对市场失灵的合理干预和纠正。防治SARS客观上也推动了中国卫生体系、公共健康治理模式的改革，改革有很多方面的内容，主要是如下几个重大举措：对于公共健康治理的政府机构进行优化组合，如针对食品安全监管的条块状、阶段性的弊端，成立了统一的机构；将全国烟草专卖总局由原来的发改委直管划归工业与信息化部管理；等等。
而后中国又经历了H7N9等突发性公共卫生事件，不断变化的外部环境和日益增长的公共卫生需要使得公共卫生不断作出调整和改进。总之，发展新型的公共卫生体系是一个渐进的过程，只有通过不断地调整和改进，一个可持续的公共卫生体系才终将会实现，[40]我国包含医改在内的公共健康治理体系改革正在不断地深化中。
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