上下级政府之间存在利益冲突。一般来说，中央政府的调控目标是站在全社会的高度，保持宏观经济的稳定发展和经济的长期可持续增长。而地方政府则不同，在政绩考量仍然是以经济总量为导向的现实制度下，地方政府更多地关注本区域内中短期的经济增长和财政收入的提高。这种“同床异梦”现象使得中央政府的宏观调控目标与地方政府的政绩评价之间始终存在难以克服的矛盾。当中央政府和地方政府目标一致时，地方政府会支持中央政府的行为；当二者不一致时，中央政府采取调控政策，地方政府会消极执行该政策，阳奉阴违甚至公然抗命。[24]
在我国现行政治体制下，地方政府实际上拥有很多规则制定权，地方政府为了促进区域经济发展增加财政收入，常常会利用行政权力去影响企业的投资方向、投资重点。地方政府通常会选择能够带来较高GDP和财政收入的项目作为招商引资。在中央明确不断加大对可再生能源产业发展的扶持力度后，地方政府对新能源产业发展热情很高。因为新能源产业对GDP的拉动快，对上下游产业带动大，而且符合绿色环保要求。所以在这种情况下地方政府往往会疏于对地方新能源资源状况、地方产业布局以及经济与社会的均衡与可持续发展的考虑，借低碳经济、绿色发展的名义纷纷制定包括风电和光伏发电在内的新能源发展规划，不惜以资源浪费及环境污染为代价发展风电设备和多晶硅行业，甚至钻政策空子将大的项目拆分成若干个小项目以使项目获得审批，这种现象造成的恶果就是造成一些新能源产能相对过剩。(www.xing528.com)
因此，政府有关部门应当加大执法监管力度，使下级政府部门领会国家政策和相关文件的精神，对所发文件的执行情况进行反馈与调研，省级以上新能源综合管理部门应定期将新能源相关法律政策实施情况的评估和报告向社会公布，及时发现和解决政策漏洞，对有关违规部门及时进行批评指正，及时整治不良作风，做好上下级政府部门的互补、协作，使新能源投融资法律制度顺利实施。
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