考古学作为与文献史学相对应的历史学另一车轮，通过遗物与遗存研究人类历史。自20世纪初考古学传入中国，近百年来中国考古发现引起世界重视，尤其是20世纪50年代以来中国一系列的重大考古发现，极大地丰富了人们对中华五千年文明历史的认识。
1899年，古文字学家王懿荣，从中药的“龙骨”上发现了甲骨文。其后，刘鹗、王襄、孟定生、罗振玉等也收集了不少甲骨文资料，他们又据此编辑了一些甲骨著录图书。1917年王国维依据当时可以见到的甲骨资料，撰写了《殷卜辞中所见先公先王考》及《续考》，考证了卜辞中的先公先王之名，证明了“有商一代先公、先王之名不见于卜辞者殆鲜”，进而他得出结论“《世本》《史记》之为实录，且得于今日证之”。
20世纪30年代以来，殷墟甲骨出土地考古发现的宫庙建筑遗址、安阳西北岗商王陵及其出土的青铜器、玉器、数以十几万计的甲骨，再现了3300年前中国历史上的高度文明。这些考古发现、研究成果，进一步佐证了司马迁《史记·殷本纪》应该是可信的。
20世纪50年代以来先后考古发现的郑州商城遗址、偃师二里头遗址、登封王城岗城址、偃师商城遗址、新密新砦城址、安阳洹北商城遗址等，被考古学界、历史学界认为是夏代与商代早中期都城遗址。这使人们有理由相信，早于《史记·殷本纪》的《史记·夏本纪》的历史记载也应该是基本可信的。“夏商周断代工程”通过多学科与跨学科结合研究，认为登封王城岗城址、新密新砦城址、偃师二里头遗址，分别为夏代早、中、晚期都邑城址，并提出夏王朝始于公元前2070年，这也就是说五帝时代结束于此。
父辛觥·商
祭祀涂朱牛骨刻辞·商
20世纪末21世纪初考古发现的距今4300年至3900年的山西襄汾陶寺城址，一般认为属于历史文献记载的“尧都平阳”。该城址发现的文字、青铜齿轮器与铜铃、“观天授时”遗址等至关重要。唐尧之后、夏禹之前的虞舜，历史文献记载也以“平阳”或晋南地区及河南濮阳、鲁西南菏泽一带为都邑。五帝时代的唐尧、虞舜之前为黄帝、颛顼、帝喾，据此来看《中外历史年表（公元前4500年—公元1918年）》记载的黄帝时代与这一时间是相近的。
新密新砦城址考古发掘现场
近年来，在历史文献记载的黄帝有熊国故地——郑州地区除了以上所说的商代早期的郑州商城、夏代早中期的王城岗城址等考古发现之外，还发现了一些河南龙山文化城址，如新密古城寨城址，面积17.6万平方米，城内发现大型夯土建筑基址。古城寨城址周围还分布有十多个龙山文化遗址，如新砦、五虎庙、人和寨与金钟寨遗址等。古城寨应是一处中心聚落。它们与黄帝时代在时间上前后基本吻合。
在黄帝有熊国所在中原地区的河南龙山文化遗址中，考古发现了一些青铜器遗物与冶铜遗迹，如郑州牛寨遗址发现的熔铜炉壁及青铜块，淮阳平粮台城址灰坑发现的铜渣，登封王城岗城址灰坑出土的青铜器残片，临汝煤山遗址出土的铜坩埚、熔铜炉残壁，鹿邑栾台遗址发现的青铜器等。
上述历史文献记载与考古发现，互证了中华文明形成（即最早中国出现起点）基本在黄河流域中游地区，时间距今约五千年。
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