中央合作金库自1942年5月正式进入筹备，到1944年12月由政府聘任的中央合作金库的理监事人选确定，筹备基本完成，但此后两年间，中央合作金库迟迟没有成立，主要是资金迟迟不能到位，直到1946年8月，蒋介石令拨专款100亿元，中央合作金库才进入具体筹组阶段，1946年11月，中央合作金库终于正式建立。[40]
中央合作金库建立后，着手重新建立合作金库系统，以利于建立系统的合作金融制度。按《合作金库条例》的规定，合作金库分中央和县市两级，中央合作金库可在各省市设立分支库或办事处。要最终建立系统的合作金融制度，中央合作金库至少有几个方面的工作要完成，一是中央合作金库分支机构的设立，二是辅导合作组织及县合作金库，三是改组抗战期间设立的合作金库，使其纳入合作金库系统之中。
在分支机构的设置上，为加强配合所谓的“经济戡乱”，中央合作金库把分支机构的设置首先放在“绥靖区”，其目的是所谓“早日复兴绥靖区经济，安定民生，配合总体战之实施”。至于其他地区合作事业较为发达，或特产富饶，堪以合作方式经营，藉能增产物资改进民生者，亦酌设分支机构。到1947年底，已设分支库44个，其中山东、河南、东北、河北、山西、湖南、湖北、广东、四川、北平、上海等分库11所，青岛、徐州、泰县、淮阴、锦州、辽阳、安东、蚌埠、宁波、开封、许昌、无锡、芜湖、张家口、南通、沙市、归绥等支库17所，沈城、江都、禹县、宿迁、嘉定、徐家汇、下关、济宁、宝鸡、三原、江宁、吴江、襄城、大同、包头、延安等办事处16所。1948年继续设立分支机构，其设置地点以办理国策农合贷款区域为主。到6月又成立了分支机构16处，其中福建、甘肃、江西3省分库，贵阳、汕头、梧州3支库，温州、南京上新河、嘉兴、绍兴、丹阳、泸县、屯溪、遂宁、涿县、内江等分理处10所，连同上一年总计60个，其中辽阳、安东、许昌3支库，禹县、延安、襄城3分理处，因战事关系，相继撤退，实存开业之分支机构共54个。[41](www.xing528.com)
辅导合作组织和县市合作金库，被列为中央合作金库的中心工作之一。在辅导合作组织上，设有辅导、设计两处专司其事，1948年特别着重于农工业生产、运销及消费合作业务之辅导，根据各业务区域内之社会经济情形，分派辅导人员推进工作，合作社已甚发达之区，即就原有合作社加强其组织，充实其业务，健全其财务；合作社不甚发达或特产富饶之地区，则辅导其组织新社，并注重大规模特产产销合作社之辅导。1948年上期共辅导合作社3928社。[42]辅导县市合作金库，先派员调查实际情形，选择一般社会经济情形优越、交通便利、特产丰饶，且合作组织相当普遍，合作事业相当发达，确有发展可能及自力经营能力，予以筹设。核准筹设之后，指导拟定章则，审核营业计划、概算等。至于每库股金总额，以国币10亿至100亿为度。关于理监事的核派，须经所在地县政府报由该省合作主管机关及本库该省分支库加具意见，送由本库核定，并报准社会、财政两部备案后，方得核准。[43]中央合作金库的分支库数量有限，县市合作金库的辅设则更步履艰难，为数很少，到1947年底，已核准登记的只有吴县、常熟两县合作金库，经核准筹备者有武进、江阴等18县合作金库，经核准派理监事者，有宜兴、青浦等21县合作金库。[44]1948年上半年，经核定筹设之县库，计有江苏溧水等、浙江吴兴等、安徽望江等、湖北随县等、四川南充等、云南曲溪等、湖南大庸等、甘肃天水等8省共83县库。[45]
至于原有的400多省县合作金库，在中央合作金库成立后，曾提出对其进行改组，但一直到1949年也没完成改组，中国农民银行所控制330余库的，直到1949年仍被视为中国农民银行的准分支机构。从组织结构看，没能形成系统的合作金库体系。
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