1942年银行专业化后，中国农民银行实际上成为唯一一家经营农村金融的国家金融机构，到1944年12月底，农行直接的分支行处加上在其控制下的其他机构，总数为706个，分布于川、康、黔、滇、粤、桂、浙、皖、赣、闽、鄂、湘、豫、陕、甘、宁、青、绥、晋等19省份，这些机构的半数集中于川、黔、湘、桂四省。在706个机构中，农行的分支行处共201个，合作金库339库，农贷通讯处140处，粮食公仓15处，农仓10处，农贷办事处1处。农行分支机构之外，还有数量不多的省县银行及由地方政府或合作社控制的县合作金库经营农村金融业务，其中到1942年，全国共有省银行23家、县银行79家，[36]总体看，这些省县银行的业务经营中农村金融所占比重不大；1943年全国共有合作金库465库，其中归中国农民银行的占2/3以上，[37]其他各库，已有110库为合作社自营或近于自营。[38]全国绝大部分经营农村金融的机构都在中国农民银行的控制之下。
抗战胜利，沦陷国土全部光复，农贷业务区域扩大，中国农民银行依据复员计划，对机构分布重新调整。凡收复区的农工商业及交通中心，均尽先增设新机构；因战事关系暂时撤退行处，均复归原处，或移设邻近地点；后方各省原有行处，凡因业务环境变迁，或因行处布设过密，业务可兼并者，均经次第予以改组或撤销。机构调整后的中国农民银行，其分支机构的总数并没有显著增加，1946年底，机构总数增至760个，1947年底，机构有暂行撤销或合并者，总数减至744个。但机构的分布区域扩大，1946年，除上述19省份外，在山东、江苏、吉林、辽宁、安东、辽北、热河、察哈尔等8省及香港敷设新机构，各省机构分布较胜利前要平均普遍。[39](www.xing528.com)
但是，从农村金融制度的角度看，中国农民银行并没有一个清楚的定位，它既有分布各省的重要分支行处，通过它们可以调剂各省农业资金的运用，又在分支行处之外，设有大量的农贷通讯处和在其控制下的合作金库，直接经营农贷业务。即中国农民银行既是农村金融的上层金融机构，又具体经营基层机构的金融业务，这种分支机构的设置原则似乎类似于商业金融，在资金有限的情况下，不利于中国农民银行发挥其作为上层农村金融机构的作用。
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