设立跨行政区划法院的初衷和直接动因，是为了革除现行司法体制的弊端之一，即司法地方化。实现特殊案件管辖的集中化与法定化，分流特殊案件与合理配置司法资源，以此促进国家法律统一正确实施。[5]准确把握跨行政区划法院的功能定位，应着眼于保障法院依法独立公正行使审判权，促进平等保护当事人合法权益，维护法律公正实施。依此改革思路，依托现有的铁路法院资源，推动机制创新，力求以高效合理的方式推进改革，构建普通案件在行政区划法院审理、特殊案件在跨行政区划法院审理的诉讼格局。[6]从司法刚性需求看，设计原理主要考虑跨区域法院的功能和定位，进入或越靠近跨区域管辖的范围和程序设置，服务于公共目的之功能越强，旨在预防、纠错、矫正和统一法律的适用，最终符合公平正义的价值取向和目的。
1.跨区设置
我国传统司法管辖制度以地域管辖和级别管辖为主，全国范围内3573 个地方法院中，绝大多数与省、地、县三级行政区划单位相对应，在行政区划内确定上下级法院受理一审案件的范围和同级法院在各自司法辖区内的分工和权限。新设立的跨区划法院不再与宪法第三十条规定的三级行政区域相对应，意味着跨区划法院的人财物等不再受制于行政区域内的党政部门，有利于法院审理案件中排除地方因素的干扰，有利于维护司法公正和司法权威。
2.特殊类型(www.xing528.com)
合理设置案件管辖，是跨行政区划法院保持旺盛生命力的核心要素。跨区划法院仅对特定类型的案件行使管辖权，以案件符合易受地方因素影响为标识，其管辖制度的基础应以特殊、重大等类型案件为归类标准，形成特殊案件跨区审理的诉讼格局，这一目标的实现决定了跨区划法院的根本任务就是审理“特殊案件”。[7]此举，不会降低普通人民法院信用等级，又可增进社会公众对司法公信力的信赖。
3.分层隔离
设立跨行政区划法院是对司法职权进行重新配置，将司法区域与行政区域适当分离或不相重合，在法院之间实行职能的分层隔离处理，方能显示出司法管辖制度的固有魅力。[8]在当下，实现司法管辖区与行政区划相分离，切中肯綮、击中要害。其法官犹如专办特殊案件的“特种兵”，在鼎鼐之间，各展所长，以求公正司法之最大公约数，实乃正本清源、分层隔离之策，且隐含了裁判机关长远的发展格局。
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