组织机构代码证书是组织机构代码识别标识的载体和法定凭证，分为正本和副本，正本为纸质证书，副本有纸质证书和电子证书。
（一）纸质证书的变化历程
1993年，国家技术监督局统一印制颁发的是第一代代码证书。在证书上，除使用了国徽图案以外，在证书底色中还印有“国家质量技术监督局”字样。代码证书表面信息包括5个信息项目，即：组织机构代码、机构名称、地址、颁发机关、颁发日期等信息。第一代代码证书有以下8种类型：
（1）中华人民共和国机关法人代码证书
（2）中华人民共和国机关代码证书（法人分支机构）
（3）中华人民共和国事业法人代码证书
（4）中华人民共和国事业单位代码证书（法人分支机构）
（5）中华人民共和国企业法人代码证书
（6）中华人民共和国企业代码证书（法人分支机构）
（7）中华人民共和国社会团体法人代码证书
（8）中华人民共和国社会团体代码证书（法人分支机构）
1997年，国家技术监督局对原有的8类组织机构代码证进行了优化改版，从1998年1月开始在全国颁发新版组织机构代码证，将原来的多类归纳为一类，统称为“中华人民共和国组织机构代码证”，大大方便了代码证的颁发和应用部门的查验。新代码证书表面信息包括7个信息项，即：组织机构代码、机构名称、机构类型、地址、有效期、颁发单位、登记号。云南省根据全省的实际情况，在原国家规定7项的基础上，增加了法人姓名信息项，并于1998年1月开始对第一代代码证书进行更换。
（二）电子证书的变化历程
1.卡片式代码电子证书(www.xing528.com)
卡片式代码电子证书简称代码IC卡，它将集成电路芯片镶嵌于塑料基片上，利用集成电路的可存储特性，保存、读取和修改芯片上的信息。代码IC卡表面包含7个信息，即：组织机构代码、机构名称、机构类型、地址、颁发单位、颁发日期、主管机关；芯片包含22个信息项，这22个信息项只有通过读卡设备才能读出。
1998年2月，国家技术监督局下发了《关于实行组织机构代码证集成电路卡副本制度的通知》，决定在全国范围内实行组织机构代码证集成电路卡副本制度。同年10月，云南省技术监督局向国家质量技术监督局上呈《关于实施组织机构代码证集成电路卡副本的申请》，并遵循国家代码中心的四统一原则，即：统一规划、统一规范、统一管理、统一颁发，推动代码IC卡在全省实施。
2003年，国家发展和改革委员会、财政部批准组织机构代码IC卡全国收费标准，至此，代码IC卡实现了全国统一收费和发卡。
2004年，云南省在省直组织机构中开始发放代码IC卡，到2011年8月发卡量已超过2.5万张。但因卡片式代码IC卡的制卡（写卡）设备昂贵，致使代码IC卡的发卡范围没有在全省推开。同时，应用部门在读取IC卡的信息时，也需要专门的读卡设备，代码IC卡的应用受到了一定限制。
2.USB接口代码电子证书
2011年，为推广代码IC卡的应用，省代码管理中心对代码IC卡进行了升级。采用USB接口的代码电子证书，解决了制约代码IC卡应用的制卡和读卡问题。该电子证书在普通电脑上，利用USB口就可完成数据的读写，应用的范围和领域得到最大限度的拓展。实现了代码的新办、变更、换证、年检和企业产品的信息维护更新的网上办理；实现了代码信息的电子交换和登录系统的身份认证。2011—2015年，USB接口代码电子证书在全省范围内推广，累计发卡量超过10万张。
（三）空白证书的管理
组织机构代码证书是有价证券，省代码管理中心每年对代码证书的计划、购买、保管、发放、统计进行全过程的管理。
组织机构代码证书（含芯、皮、IC卡），由省代码管理中心根据全省代码用证需求，在规定时间内配合院财务做好年度预算计划。每年再根据不同时期的使用情况，提出阶段申购代码证书申请，经省标化院领导审批后，由财务汇款向国家代码中心购买证书，同时，院办公室根据年度预算计划，做好资金准备工作，保证购买代码证书资金周转。
代码证书到货后，院办公室根据省代码管理中心当次的申购量和提货凭证，安排代码证书专管员进行清点，经与申购数量核对无误后建立入库台账，登记该批次的流水号和数量，并将入库清单交省代码管理中心备案，由省代码管理中心将收到该批次证书数量的回执报国家代码中心。
院办公室专管员根据州（市）质量技术监督局出具的《代码证书领取凭证》，并按该单位年度《组织机构代码证书领取计划表》，核准发放代码证书。《代码证书领取凭证》一式四联，第一联由代码证书专管员负责保管；第二联由省代码管理中心保管；第三、四联载明实际领证数量后，交领证人员带回领证单位。代码证书专管员依据核准后的《代码证书领取凭证》，按给定的顺序号、数量及流水号发证。州（市）质量技术监督局领证人员应在《代码证书领取凭证》上的“领证签名”处签字确认，《代码证书领取凭证》由代码证书专管员按月汇总，由财务签收并保管，以备结算。
1993—2015年，省标化院共发放空白纸质代码证书165万余套。
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