（一）政策体系尚未协同
京津冀各自都制定了自身发展的规划，在缺乏必要协调的基础上，都在集中精力打造本地方的完整产业链，于是在以政策主导的京津冀协同发展战略推进的进程中，京津冀科技创新服务体系构建方面的政策体系尚存在不统一且衔接不畅的问题。例如，就三地发布的科技服务业政策而言，三者发布的时间并不一致，2014年，天津市人民政府发布《关于加快现代服务业发展的若干意见》，2015年，河北省人民政府发布《关于加快科技服务业发展的实施意见》（冀政发〔2015〕18号），2017年，《北京市加快科技创新发展科技服务业的指导意见》发布，此外，就政策内容而言，虽然都涉及了京津冀区域科技服务建设的内容，但具体合作的方式、步骤尚无进一步的规定，协同性差。
就政策实践层面而言，北京中关村国家自主创新示范区，开展先行先试政策探索；天津享受国家自创区和自贸区双重政策，各项政策正在落地实施；河北虽获批“河北京南国家科技成果转化示范区”建设，赋予开展先行先试的职能，但尚待取得实质性进展。京津两地形成明显的“政策高地”，对周边创新资源产生“虹吸效应”，同时区域政策衔接不畅也影响科技服务资源的跨区域流动。
（二）行政壁垒阻碍了统一市场的形成
行政主导型经济是以行政区划为边界，存在各种行政性限制壁垒，导致经济要素难以在区域间自由流动，要素市场分割严重。[11]多年来，影响京津冀地区区域经济合作的最大因素和障碍是行政区划壁垒，具体表现在区域内各自为政、市场分割、恶性竞争。现有的科技体制严重滞后于市场经济发展的需要，一是区域科技体制的条块分割，无法按市场经济的要求优化配置区域内科技资源；二是僵化的科研体制无法使研发对市场需求形成灵活快速的反应。(www.xing528.com)
此外，京津冀地区自身的市场机制不够健全，除市场自身发育不足外，很重要的一点是地方政府职能错位的问题，政府职能的转变滞后于一体化进程，地方政府在微观经济活动中过多扮演了直接参与者的角色。
（三）利益协调机制未建立
京津冀协同创新机制的关键是协调三地之间的经济利益，区域经济协同发展的利益协调，既包括政府利益和企业、个人利益的协调，又包括静态利益和动态利益的协调。由于行政区划的限制，各地方政府难以摆脱追求自身利益的束缚，只是以自身利益最大化作为经济决策的出发点，从而忽视了区域的整体利益，并未形成经济利益共同体。[12]而目前在三地缺乏超越行政区划的统筹协调机制，缺乏统一的高层协调机构与运行机制。在国家层面没有针对京津冀区域协同发展的协调机构，京津冀之间也缺乏协调的体制机制。目前，在京津冀高层领导之间只有一种临时性的协商对话方式，但在行政体系内部还未形成对话机制、协调共商机制，更缺乏行动上的一致性。[13]
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