然而，由于近代自然主义的社会学或社会科学只意识到社会是自然物质系统的一个部分，相信运用还原论、物理主义的手段和简单性原则能够获得关于社会的完全的知识，故而忽视了社会作为物质存在的同时也是人的思想的存在。只有单一社会学学科的社会科学未能将其它社会现象囊括其中，其他对社会现象研究的学科，如经济学、政治学、人类学、人文地理学等学科另辟其径。这些学科因自然主义社会学（社会科学）的机械性质和物理主义，拒绝把自己称为社会科学，而坚持叫做人文学，并曾经对自然主义化的社会科学进行猛烈的批判。之后，受近现代自然科学所取得的巨大成就的影响，当这些所谓人文学科也试图开始应用自然科学所使用的手段来进行研究的时候，人们习惯地将它们与原来的社会学并列统称为社会科学学科（其中也包含了科学共同体内部自身默认的因素），由此形成了今天不伦不类、毫无体系结构、各自分立、相互无内在的联系的社会科学学科群。该状况或局面背后深藏着研究者们的一种预设：社会现象是分立的，社会统一性的原因是不可知（复杂）的；统一的社会科学是不可能的；社会现象只能够由不同的方法去理解或说明；没有解决问题的统一的方法和方法论；社会的物质部分和精神部分不可能放在一起用统一方法研究；对社会的研究只能百家齐放，百家争鸣，即使是仅仅对社会进行实证性的研究也一样。这是社会研究模式的第二次转变。
如果说，第一次社会研究模式的转变使社会科学获得了近代意义上的科学地位，那么，第二次社会研究模式的转变则推动了社会科学的繁荣。为追求社会研究和决策更加实证化、精确化，研究者把社会学领域原有的问题划分或细化为不同的学科，转向更加宽广的、多分支组成的、从多个角度出发的社会实证研究，标志着社会研究者对社会学和社会科学的理解发生了新的变化。这时候，原有的社会学已经不再如孔德所界定的那样，是对整个社会的研究，是数学、物理学、生物学之上的社会科学，而是与经济学、政治学和历史学等具体学科处于同一层次的社会科学子学科。而社会科学也不再是简单地与自然科学对应的模糊的综合体，而是囊括越来越多分支学科的学科群。学科的门类划分加速了社会科学的发展，推动着社会科学朝客观化、科学化和专业化的方向发展。(www.xing528.com)
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