现代复杂性科学理论强调以整体作为问题的出发点，从整体目标出发来认识局部事物的作用，并规定出它们之间的相互联系；尽量不去割断事物内部各个要素、层次以及内部和外部的联系，将事物的联系作最高程度的抽象，由此形成了一系列从整体上定量和定性描述事物状态和变化的新概念：系统、信息、控制、有序、组织、目的、反馈、编码、算法等。复杂性科学理论的出发点和研究方法明显地与传统科学的还原论思想和分析方法不同。
传统科学是关于事物的部分、侧面、方面的学问。恩格斯对此曾作过精辟的论述：“每一门科学都是分析某一个别的运动形式或一系列互相关联和互相转化的运动形式的，因此，科学分类就是这些运动形式本身依据其内部所固有的次序的分类和排列，而它的重要性也正是在这里。”[1]物质的运动形式是科学学科分类的基础，对应于不同的物质运动形式建立起不同的学科，如：机械运动形式——力学，物理运动形式——物理学，化学运动形式——化学，有机界的运动形式——生物学。
传统科学方法是先从事物本身的存在和灭亡的条件及其组成要素入手，把整体分为部分，待每一个部分搞清楚之后，再作综合。这种方法的局限性在于：整体被分割之后，整体的性质消失了，被分割出来的单独存在的部分，与原来作为整体中的部分的性质也不完全一样了，重新组合（组装）起来的整体也不是原来的整体了。整体是历史的产物，任何历史产物都不可能由人为的综合来完成。认识整体始终是传统科学的难点、盲点。其实这正是传统科学自身的学科分类基础和分析方法这些先天不足的原因造成的。(www.xing528.com)
传统科学的分类基础和分析方法，决定每一门传统科学学科只能够认识事物的一个层次，一个侧面，一个部分，而不是事物的全部过程和事物的整体。虽然传统科学取得了极其辉煌的成就，但是问题一直存在着：怎样认识整体的性质？怎样把握整体之中各部分的联系？怎样揭示运动过程各阶段的联系？怎样找到一个复杂过程或众多元素的最佳组织方式？等等。
复杂性科学针对传统科学的致命弱点，从方法论上进行了革命，突破了传统的科学分类基础，接受了哲学上的整体主义原则，或整体主义思想。其基本思想是：一个关于事物整体的理论必须同时处理所有的运动形式。从整体的共性（例如功能、目的或目标）出发理解或规定局部。
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