汉唐之际，随着廷尉规模不断扩大，专业化程度不断提高，并与尚书省在权责划分上建立起合理的关系，司法制度渐趋完善。但如何从司法运作的角度来理解廷尉到大理寺的变迁，还应进一步挖掘。要解决这一问题，我们不妨将秦汉廷尉与隋唐大理寺的司法运作方式做一下对比，以比较其中的差异。
先看廷尉。如前揭，两汉时期廷尉在组织体系上是受三公领导的，但若考察其司法运作方式，却显示出一定程度的独立性。这表现在两个方面：一是廷尉对司法案件的处置具有独立性。尽管有研究认为廷尉管辖权受到一定制约[64]，但廷尉作为执掌全国刑狱的最高司法官，其在司法程序上基本享有较为完整的司法终审权，它所审理的案件法定上不需三公复核。《汉书·刑法志》记载汉代奏谳书的运作情况：“自今以来，县道官狱疑者，各谳所属二千石官，二千石官以其罪名当报之。所不能决者，皆移廷尉，廷尉亦当报之。廷尉所不能决，谨具为奏，傅所当比律令以闻。”[65]这条材料表明，郡太守所不能决的疑案上报廷尉之后，廷尉自作处理，若廷尉不能决，并不上报三公，而是“谨具为奏”，直接奏请皇帝。也正是由于廷尉在司法审判中位高权重，故时人有“始翟公为廷尉，宾客阗门；及废，门外可设雀罗”之语[66]。
二是廷尉实施刑罚甚至执行死刑的权力也较为独立。例如西晋东海王司马越“疑朝臣贰己，乃诬帝舅王延等为乱，遣王景率甲士三千人入宫收延等，付廷尉杀之”。[67]又如东晋末司马休之谋除执政刘裕未果，“时休之次子文宝及兄子文祖并在都，收付廷尉赐死。”[68]从以上资料来看，廷尉独立承担了刑罚执行职能。这样的例子还有很多，不赘举。
归根结底，廷尉在司法上的这种相对独立性来自于皇权，并直接依附于皇权。九卿本身就源自皇帝家臣，既处理军国大政，也管理内廷事务，二者甚至混杂在一起，因此，秦汉时期廷尉虽然在官制体系中隶属于三公，但与皇帝之间存在着较为密切的关联，须直接向皇权负责。这种关系我们可以用一熟例来说明。汉文帝曾问右丞相周勃、左丞相陈平天下决狱、钱谷之事，周勃不能对，而“平曰：‘有主者。’上曰：‘主者谓谁？’平曰：‘陛下即问决狱，责廷尉；问钱谷，责治粟内史。’”[69]这表明汉代皇帝可以直接问政于九卿，不必经过丞相环节。另外，张释之本传记载，“有人盗高庙坐前玉环，捕得，文帝怒，下廷尉治。释之案律盗宗庙服御物者为奏，奏当弃市。”[70]分析此案处理过程，下廷尉治罪的命令来自皇帝，而廷尉依律审理完毕之后，再将审判意见上奏皇帝，其间并无三公参与的迹象。
当然，廷尉的相对独立性是系于皇权诏令权威之下的。汉代对秦一断于法的弊端进行反思，汉高祖七年下诏，“令郎中有罪耐以上，请之。”[71]开创了皇帝通过诏令来控制司法的特殊程序——上请，在上请执行之后，皇帝可以指令各行政机关参与审判案件，廷尉只是参与杂治的主办机关之一。当涉及由皇帝亲自下诏的诏狱案时，也需分别由使者、丞相、御史大夫和廷尉审理。这些特殊审判程序让汉代廷尉保留了一定的开放性。及至曹魏“八议”入律，许多重大案件的议请程序得以制度化，朝臣集议，议定奏闻，再由皇帝裁决更是成为定制，廷尉在司法审理程序中受到外部机构的掣肘不断增加，不少重大案件甚至弱化了廷尉所应扮演的角色，比较典型的是北魏孝文帝时期废太子元恂谋反案和孝明帝时期的驸马殴杀兰陵公主案。[72]
再看隋唐“大理寺—刑部”的司法运作。关于大理寺与刑部的职能分工，唐代史籍记载颇为详尽。《唐六典》记载：“凡诸司百官所送犯徒刑已上，九品已上犯除、免、官当，庶人犯流、死已上者，详而质之，以上刑部，仍于中书门下详覆。”[73]从以上材料来看，唐代在司法案件的审判上采取了“大理寺—刑部—中书门下”的分级管理方式，其中，大理寺负责案件审理，再交刑部复核，重要案件还需中书门下详覆。可见，大理寺只是司法审判活动中的一个环节，其活动受到上级主管部门的严格监管。(www.xing528.com)
如果涉及官当、雪罪、减罪的案子，各部门的分工方式亦是如此。唐玄宗开元八年敕规定：“内外官犯赃贿及私坐成殿、公坐官当已上有合许雪及减罪者，并令大理审详犯状，申刑部详覆；知实冤滥，乃录送中书门下。”[74]无疑也采取了“大理寺—刑部—中书门下”的处理程序。
对死刑裁决案件，隋代将死刑裁判权上移中央，“制天下死罪，诸州不得便决，皆令大理覆治。”[75]大理寺承担了复核职责，而唐代的规定则更为审慎，“决大辟罪，在京者，行决之司五覆奏；在外者；刑部三覆奏”[76]，覆奏职责则归于刑部。在死刑执行方面，不能由大理寺单独完成，史载：“决大辟罪，官爵五品已上在京者，大理正监决；在外者，上佐监决；余并判官监决，在京决者，亦皆有御史、金吾监决。”[77]可见对死刑的执行还须有监察和禁卫系统参与监决。
唐代还建立了严密的勾检制度，唐制规定“凡大理断狱，皆连署焉”[78]，寺内参与审判的主官皆须负连带责任。这表明在司法文书的处理过程中，亦严格按照当时的勾检连署制度进行操作，客观上也降低了因长官个人原因造成的冤假错案，有利于司法公正。[79]
总的说来，在唐代“大理寺—刑部”司法体制下，大理寺与刑部各自的职责、权限开始细析，它限定了各机构的管理范围，各负其责，各司其职，相互配合，不得推诿或越权。应该说，这种司法组织结构和管理体制较为合理地分解了司法审判权力，将其赋予各层级，并通过联署、复核等制度，实现各层级之间的相互负责、相互监督，从而也为参与司法活动的各部门提供了有效合作的基础。这就在一定程度上排除了司法活动中的不稳定因素，有利于司法公正。
不过，唐代层级化的司法运作仍难免会生出弊端，容易造成政令不畅，客观上降低审理效率，这就集中表现为滞狱现象普遍，如史载狄仁杰“仪凤中为大理丞，周岁断滞狱一万七千人，无冤诉者”。[80]然滞狱常有，而狄公不常有。为了减少因司法程序分工带来的滞狱问题，协调部门之间的关系，从唐代开始又规定了各机关的办案程限。例如，唐宪宗元和四年九月敕：“刑部大理决断系囚，过为淹迟，是长奸幸。自今已后，大理寺检断，不得过二十日，刑部覆下，不得过十日。如刑部覆有异同，寺司重加不得过十五日，省司量覆不得过七日。如有牒外州府节目及于京城内勘，本推即日以报。牒到后计日数，被勘司却报不得过五日。仍令刑部具遣牒及报牒月日，牒报都省及分察使，各准敕文勾举纠访。”[81]此后，针对案件情节存在轻重差异问题，又做了进一步细化规定，[82]不过，从后世史料来看，滞狱、滞讼的史料仍不绝于书，不赘论。[83]
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