对于申请劳动仲裁，但仲裁委员会不予受理，当事人向法院起诉的，法院将区别情况做出不同处理。依据《解释二》，主要有以下几种情况：
（1）仲裁委员会以申请仲裁的主体不适格为由做出不予受理的书面裁决、决定或者通知，经法院审查，确属主体不适格的，裁定不予受理或者驳回起诉。
（2）以当事人的仲裁申请超过时效为由不予受理，当事人起诉的，人民法院应当受理。审查后对确已超过仲裁申请期限，又无不可抗力或者其他正当理由的，依法驳回其诉讼请求。
（3）以当事人申请仲裁的事项不属于劳动争议为由，做出不予受理的书面裁决、决定或者通知，当事人不服，依法向人民法院起诉的，人民法院应当分别情况予以处理。属于劳动争议案件的，应当受理；虽不属于劳动争议案件，但属于人民法院主管的其他案件的，应当依法受理。
另《解释四》第一条规定：“劳动人事争议仲裁委员会以无管辖权为由对劳动争议案件不予受理，当事人提起诉讼的，人民法院按照以下情形分别处理：（1）经审查认为该劳动人事争议仲裁委员会对案件确无管辖权的，应当告知当事人向有管辖权的劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁；（2）经审查认为该劳动人事争议仲裁委员会有管辖权的，应当告知当事人申请仲裁，并将审查意见书面通知该劳动人事争议仲裁委员会；劳动人事争议仲裁委员会仍不受理，当事人就该劳动争议事项提起诉讼的，应予受理。”
（二）仲裁委员会逾期未做出受理决定或仲裁裁决，当事人直接提起诉讼的
仲裁委员会逾期未做出受理决定或仲裁裁决，当事人直接提起诉讼的，人民法院应予受理。但申请仲裁的案件存在下列事由的除外：
（1）移送管辖的；
（2）正在送达或送达延误的；
（3）等待另案诉讼结果、评残结论的；(www.xing528.com)
（4）正在等待劳动人事争议仲裁委员会开庭的；
（5）启动鉴定程序或者委托其他部门调查取证的；
（6）其他正当事由。
当事人以仲裁委员会逾期未做出仲裁裁决为由提起诉讼的，应当提交劳动人事争议仲裁委员会出具的受理通知书或者其他已接受仲裁申请的凭证或证明。
（三）不服仲裁裁决而起诉
（1）对《劳动争议调解仲裁法》第四十七条规定的一裁终局事项的裁决不服的，劳动者可以起诉；不服一审判决的，还可上诉。用人单位无权起诉，但在具备法定事由时可申请撤销仲裁裁决。法院对撤销申请做出的裁定为终局裁定。
（2）对《劳动争议调解仲裁法》第四十七条规定以外的情形做出的裁决不服的，当事人双方均可起诉及上诉。仲裁裁决是否为终局裁决的判断至关重要。
《解释四》第二条规定：“仲裁裁决的类型以仲裁裁决书确定为准。仲裁裁决书未载明该裁决为终局裁决或非终局裁决，用人单位不服该仲裁裁决向基层人民法院提起诉讼的，应当按照以下情形分别处理：（1）经审查认为该仲裁裁决为非终局裁决的，基层人民法院应予受理；（2）经审查认为该仲裁裁决为终局裁决的，基层人民法院不予受理，但应告知用人单位可以自收到不予受理裁定书之日起三十日内向劳动人事争议仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销该仲裁裁决；已经受理的，裁定驳回起诉。”
有的仲裁裁决既包括终局裁决事项又包括非终局裁决事项，当事人不服该仲裁裁决向人民法院提起诉讼的，应当按照非终局裁决处理（《解释三》第十四条）。
（3）《解释三》第十八条规定，劳动人事争议仲裁委员会作出终局裁决，劳动者向人民法院申请执行，用人单位向劳动人事争议仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销的，人民法院应当裁定中止执行。用人单位撤回撤销终局裁决申请或者其申请被驳回的，人民法院应当裁定恢复执行。仲裁裁决被撤销的，人民法院应当裁定终结执行。用人单位向人民法院申请撤销仲裁裁决被驳回后，又在执行程序中以相同理由提出不予执行抗辩的，人民法院不予支持。
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