1603年，德川幕府建立，长达260年的统治。第三代将军德川家光时代，建立幕藩体制。幕府之下，全国分为各藩，全国号称有“三百诸侯”。与中国相似，全国分为士、农、工、商四级，不过此士非中国士，而是武士。德川幕府对天皇的控制超过前代幕府，包括经济上也控制很严，民间常说天皇是“欲做诗，却无纸”。
16世纪，葡萄牙人来到日本，向日本人民传天主教，饱受压迫的日本农民很快接受了天主教。幕府很快察觉天主教对统治者的严重威胁，遂大肆镇压。杀害天主教徒达28万之众。但这样还不能禁止人民信教，幕府一不做二不休，干脆全面锁国，自1633年到1639年连发五道锁国令，规定全国检举天主教徒，不给天主教在日本有一点立足之地。并禁止一切西方人来日贸易，同时规定日本人在海外者不许回国，日本人不得出海。这些命令的一个副作用是，中国沿海的倭寇从此绝迹。在日西方人被隔离到一个名叫出岛的小岛，与日本人隔绝。幕府的措施取得了一定效果，自此国内表面上平安无事，局面稳定。不过，实际上，幕府以表面稳定为代价拒绝外来文明的锁国政策，使得日本民族的发展陷于停滞，17世纪初日本出现的变革活力被窒息了。此后200余年的德川幕府统治被后来的日本人认为是日本落后时期的代名词。
形势的稳定使得武士阶层马放南山，沉沦于游乐之中，而商人阶层崛起，大名武士皆拜在商人脚下，日本民谣说，“大阪商人一怒，天下诸侯惊惧”。而且商人还花钱买来武士刀，摇身一变成为武士。
日本锁国后，独有两国可以继续对日贸易，一是荷兰，因为荷兰是新教国家，对传教不感兴趣，只注重贸易，另一国就是中国。
同时，荷兰的实用性书籍也渐渐传入日本，在日本形成兰学，兰学与儒学和国学并立。
1754年，山胁东洋发表人体解剖报告，揭开了日本启蒙的序幕。兰学对日本思想文化和生活造成全面冲击。幕府发现了兰学对其统治的威胁，即行镇压，但兰学已经完成了对日本近代文化的启蒙，动摇了人们对幕府统治的信念。有识之士开始思考如何使日本接受西方先进文化的影响。
1840年，鸦片战争爆发，日本举国震惊，天朝的形象开始崩溃。但幕府仍沉缅于表面上的稳定，采取驼鸟政策，不知大难将至。
1853年，美国将军佩利的四艘黑船驶近江户，日本上下一片恐慌。次年，佩利再进日本，强迫幕府签定不平等条约《日美亲善条约》，此后，欧洲各国纷纷与日本签定不平等条约，日本闭关锁国时代被打破。
其间，日本唯一的欧洲友邦荷兰多次致信幕府，善意劝告其尽快开放，以免如中国般遭受大祸，但幕府虽表示感谢，却拒绝开放。但日本忧国忧民的有识之士们却认识到，只有解禁，才是日本唯一的出路，而幕府坚持锁国。
在此期间，佐久间象山和横井小楠是开国论者的代表，他们从魏源的《海国图志》得到启发，提出“东洋道德，西洋技术”。
同时，日本传统的文化体系也遭到冲击，日本人对中国文化发生怀疑。山鹿素行说，日本才应该是中国，因为中国战乱频仍，而日本正统相继。还有国学家抨击清代中国人虚伪，而日本的大和心与古中国人那样有活生生的思想感情。日本人本居宣战认为，中华世界虚伪狡诈，政治不修，而日本则“春日明净”。他们将那些“妄自眩目于支那学说”的日本人斥为“腐儒庸医”，总之，认为中华文化与上古时相比已失去活力，趋于死亡。日本思想界急于向西方先进思潮学习。
面对西方列强的侵略，日本人感到国难当头，幕府则成为日本进步的障碍。武士大盐平八郎发动起义，打响了倒幕第一炮。大盐平八郎是一警官，对幕府统治的黑暗极为不满。有一年过年，他身穿新衣吃年夜饭，思及许多穷人，无心下咽，赋诗一首：
着得新衣祝新年，羹饼味浓易下咽。
忽思城中多菜色，一身温饱愧于天。
大盐平八郎起义被幕府镇压，兵败身死，而幕府的腐朽统治也到了灭亡的前夜。
内忧外患引发了日本历史上著名的“明治维新”运动，日本从此走上富国强兵的资本主义道路。改革的主要领导者是有着“维新三杰”之称的木户孝允、大久保利通与西乡隆盛。
幕府晚期的暴政以及一系列不平等条约的签订，引发了尊王攘夷运动，长州藩（封建领地称藩）成了运动的中心。(www.xing528.com)
1866年3月，主持长州藩政的木户孝允与萨摩藩的西乡隆盛等人在京都缔结军事同盟条约，决心武力讨伐幕府。
1867年1月30日，孝明天皇病故，15岁的皇太子睦仁（明治）即位。1867年10月15日，萨摩藩的大久保利通与木户孝允签订出兵盟约。11月8日，倒幕派以天皇名义发出“讨幕密诏”。面对不利局势，德川庆喜表示将辞去将军职位，“奉还大政”于天皇。倒幕派一面迅速推动王政复古计划，一面调集兵力，准备与幕府决战。1868年1月3日，由明治天皇出面，召开有皇族、公卿、大名和武士参加的御前会议，发布“王政复古大号令”，宣布废除幕府制和成立以天皇为中心的新的中央政府。德川庆喜拒绝承认朝旨，图谋发动武装叛乱。
1月27日，以萨摩、长州两藩为主力的新政府军与幕府军在京都附近的鸟羽、伏见交战。西乡隆盛率5000人击溃了1.5万人的幕府军，德川庆喜退至江户。4月，西乡只身赴江户，与幕府大臣会谈，迫使幕府投降。政府军随即进占江户。统治日本260多年的德川幕府被推翻。
早在与幕府军交战中，天皇政府就着手制订政纲。1868年4月6日，明治天皇发布了带有临时约法性质的《五条誓文》。内容是：“广兴会议，万事决于公论；上下一心，盛行经纶；官武一体，以至庶民，各遂其志，毋使人心倦怠；破除旧来之陋习，一本天地之公道；求知识于世界，大振皇国之基础。”《五条誓文》成为明治政府改革的基本纲领。
6月，明治政府颁布了关于国家制度、机构的政令《政体书》，规定“天下权力皆归太政官”，太政官下，设议政、行政、刑法三官，议政官掌立法，行政官掌行政，刑法官掌司法。由此确立了“三权分立”的政治体制。
为实现国家真正的统一，木户、大久保等人迫使藩主“版籍奉还”。“版”指土地，“籍”指户籍（人口），版籍奉还就是要诸侯向政府交出对土地和人民的封建领主所有权。
版籍奉还后，木户、大久保等决定“废藩置县”。1871年8月29日，木户孝允以天皇的名义，宣读废藩置县诏书，废除全国260余藩，划为1使3府302县；取消藩主对本藩的统治权，由中央委派知事治理。同年11月，藩县合并为3府72县。至此，一个统一的中央集权国家已经形成。
废藩置县后的日本政府为了建立现代化国家，决定派使团向西方学习。1871年12月，一支由全权大使岩仓具视率领的“欧美使节团”启程。使节团一面与欧美各国谈判，试图修改幕府末期以来对外缔结的不平等条约；一面考察各国的政治、经济、文化、军事，作为日本建设的参考。使团成员共48人，几乎包括了新政权的主要成员。他们辗转美、英、法等国，1873年夏先后回国。
修约谈判没有结果，但游历却开阔了使团成员的眼界。日本政府迅速做出调整，将“殖产兴业”、“文明开化”和“富国强兵”三大政策作为建国的指导方针。
“殖产兴业”，就是大力发展资本主义经济。大久保利通回国后，提出要以英国为榜样。新设立的内务省利用国家资金创办千住呢纱厂、爱知纺纱厂等。同时，政府重视矿山开发和铁路建设。经过十余年发展，至19世纪80年代中期，工业革命已几乎席卷日本一切工业部门。
“文明开化”的目的是通过学习西方国家的教育、科学和生活方式等，借以改造日本封建文化。为了实现国民的文明开化，政府取消了以儒学为中心的封建教育，效法西方建立起包括小学、中学和高等学校在内的教育体系，并努力在全民范围内普及初等义务教育。1877年，东京大学建立。大久保利通还带头剪短发，随后，明治天皇也开始仿效。
“富国强兵”政策中，具有重要意义的是进行军制改革，建立常备军。1873年，兵部省发布征兵令，实行征兵制。政府效仿德国，设立陆军海军学校。但大久保利通新政招致了失去特权的武士阶级的不满。1878年5月14日，大久保利通这位“铁血宰相”在东京被刺杀。
与此同时，代表士族利益的西乡隆盛，与改革派的矛盾也越来越深，逐渐走向改革的反面。西乡等人鼓吹的“征韩论”被击败后，西乡以及数百名在萨摩藩出生的军警相继辞官回到鹿儿岛。1874年，西乡等人设立私立学校，分为枪队学校和炮队学校。除本部外，还有上百所分校。这些学校实际都是准军事组织，专门用武士精神教育青年。短短一年内，人数迅速发展到3万人，几乎控制了整个鹿儿岛行政与警察职位。鹿儿岛俨然是西乡的独立王国，其政治诉求对改革派政府直接构成威胁。
1876年，大久保曾派鹿儿岛出生的警官以探亲名义回岛侦察，被西乡一派扣留。1877年1月，政府为防止西乡叛乱，密令把鹿儿岛的陆军弹药武器运走。西乡派得到消息后，随即袭击军火库，抢走武器弹药。2月，西乡以“新政厚德”之号，率军攻打熊本县城。九州等地士族纷纷响应。西乡兵力一度达4万余人。在大久保利通主持下，政府组织近6万人的征讨军投入战争。8月17日，西乡军主力被击败。西乡率残部逃回鹿儿岛，固守城山。9月，城山陷落，最后的武士西乡隆盛切腹自杀。
日本“维新三杰”发起的明治维新是日本避免沦为欧洲殖民地的转折点，它使日本成为亚洲第一个走上近代化发展道路的国家。由于明治维新是一次不彻底的自上而下的改革，保留了大量封建残余，因此，日本的资本主义发展一开始就带有鲜明的军事特征，使日本在以后的发展过程中，很快走上了军国主义道路。
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